Programa de Pós-Graduação em Doenças Tropicais - PPGDT/NMT
URI Permanente desta comunidadehttps://repositorio.ufpa.br/handle/2011/3558
O Programa de Pós-Graduação em Doenças Tropicais (PPGDT) integra o Núcleo de Medicina Tropical (NMT) da Universidade Federal do Pará (UFPA), realizando atividades de ensino, pesquisa e extensão e atuando na formação de docentes-pesquisadores para o estudo e o ensino das doenças tropicais e das patologias regionais no estado do Pará e na Amazônia.
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Navegando Programa de Pós-Graduação em Doenças Tropicais - PPGDT/NMT por Orientadores "GABBAY, Yvone Benchimol"
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Dissertação Acesso aberto (Open Access) Caracterização das infecções por norovírus nas hospitalizações pediátricas por gastrenterite na cidade de Belém, Pará(Universidade Federal do Pará, 2012-04-20) SIQUEIRA, Jones Anderson Monteiro; GABBAY, Yvone Benchimol; http://lattes.cnpq.br/1579859438466504O Norovirus (NoVs), pertencente a família Caliciviridae, ocasiona quadro de gastrenterite aguda (GEA) em pessoas de todas as faixas etárias. Sua relevância como causa de surtos já está confirmada, os quais ocorrem principalmente em locais fechados. Sua transmissão é, sobretudo, pela via fecal-oral, por meio da ingestão de água/alimentos contaminados e contato pessoa-a-pessoa. A doença em geral se manifesta de forma súbita, caracterizada por diarreia, vômito, náusea e cólica abdominal. O objetivo deste estudo foi demonstrar a importância dos NoVs como patógenos associados às internações de crianças com quadro de GEA em Belém, Pará. A coleta dos espécimes fecais ocorreu de maio/2008 a abril/2011, sendo examinados somente aqueles com resultados negativos para rotavírus. Para a detecção dos NoVs foi utilizado o ensaio imunoenzimático (EIA) e a reação em cadeia mediada pela enzima polimerase e precedida de transcrição reversa (RT-PCR). As amostras com resultado positivo no EIA e negativo na RT-PCR foram submetidas a semi-nested RT-PCR, e aquelas que permaneceram negativas foram testadas pela PCR em tempo real. Foram analisadas 483 amostras, sendo observada uma positividade de 35,4% (171/483). Adotando-se a RT-PCR como o método de referência, o EIA apresentou sensibilidade de 85,9% e especificidade de 93,4%, com excelente reprodutibilidade entre ambas (Kappa= 0.8, p<0.0001). As 22 amostras positivas apenas por EIA foram testadas pela semi-nested RT-PCR e PCR em tempo real, sendo observada positividade de 63,6% (14/22) e 75% (6/8), respectivamente. O sequenciamento nucleotídico parcial da região da ORF1 demonstrou a circulação dos genótipos GII.4d (80,8%-42/52), GII.7 (7,7%-4/52) e GII.b (11,5%-6/52). Foi realizado o sequenciamento de 64,3% (9/14) das amostras positivas somente pela semi-nested RT-PCR, também correspondente a ORF1, sendo 55,6% (5/9) classificadas como GII.4d e 44,4% (4/9) como GII.b. Das 6 amostras classificadas como GII.b, cinco foram caracterizadas como GII.3 quando sequenciadas com iniciadores específicos da região do capsídeo viral, sugerindo a possibilidade de se tratarem de amostras recombinantes. Foi observada maior taxa de infecção nas crianças menores de 2 anos de idade (90,1%-154/171) e os principais sintomas observados foram vômito (95,8%-137/143) e desidratação (94,4%-118/125), considerando que a diarreia foi critério de inclusão. A maioria das crianças infectadas apresentou mais de 9 dias de diarreia (41,2%), 4 evacuações diárias (43,9%) e mais de 5 episódios de vômito (90%) no período de internação. Com relação à sazonalidade, foram observados três picos de positividade, em setembro e outubro de 2008 (63,6%); e em fevereiro de 2010 (62,1%), não sendo notada nenhuma correlação com os parâmetros climáticos de pluviosidade, umidade e temperatura. Com este estudo, demonstrou-se a importância dos NoVs como enteropatógenos virais associados à GEA em crianças hospitalizadas em Belém, indicando a necessidade de uma vigilância ativa, a fim de evitar maior morbidade e possível mortalidade ocasionada por esse vírus na população infantil.Dissertação Acesso aberto (Open Access) Detecção e genotipagem de norovírus em diferentes amostras de água e esgoto não tratado na cidade de Belém, Pará, Brasil, 2008 a 2010(Universidade Federal do Pará, 2014) TEIXEIRA, Dielle Monteiro; GABBAY, Yvone Benchimol; http://lattes.cnpq.br/1579859438466504Os vírus entéricos eliminados pelas fezes de indivíduos infectados se dispersam nos ambientes aquáticos por meio do lançamento de esgoto. Dentre esses vírus os norovírus (NoV) são atualmente considerados a principal causa de surtos de gastrenterite mundialmente, decorrentes da ingestão de água e alimentos contaminados, como também estão associados a hospitalizações. O objetivo dessa pesquisa foi detectar e caracterizar parcialmente os NoV humanos (genogrupos I e II) em diferentes tipos de água e esgoto bruto da Região Metropolitana de Belém. O estudo envolveu águas superficiais de baía (Ver-o-Peso), rio (Porto do Açaí), igarapé (Tucunduba) e dois mananciais (Bolonha e Água Preta), como também água tratada (ETA-Bolonha) e esgoto bruto (EEE-UNA), coletadas mensalmente ao longo de dois anos. Essas águas e esgoto (2 litros) foram inicialmente concentradas em membranas filtrantes obtendo-se um volume final de 2mL. O ácido nucléico foi extraído pelo método da sílica e submetido à reação de semi nested RT-PCR (reação em cadeia mediada pela Polimerase precedida de transcrição reversa) utilizando iniciadores específicos para NoV GI e GII. O cDNA obtido após transcrição reversa foi utilizado para pesquisa de GI/GII também por TaqMan® PCR em tempo real. As amostras positivas por ambas as metodologias moleculares foram analisadas para a região 5’-terminal da ORF2 por nested (GI) e semi nested (GII) com o intuito de obter amplicon para identificação das cepas circulantes, sendo posteriormente purificados com uso de kit comercial e submetidos a caracterização molecular em sequenciador automático. As sequências obtidas foram editadas, alinhadas e comparadas com outras depositadas no banco de genes (GenBank - NCBI) e no site NoV genotyping tool. No período de novembro de 2008 a outubro de 2010, 168 amostras de água e esgoto foram coletadas e analisadas quanto a presença de NoV, obtendo-se positividade de 33,9% (57/168), das quais 21,1% (12/57) foram positivas somente por TaqMan® PCR em tempo real, 19,3% (11/57) por semi nested e 59,6% (34/57) por ambas. Considerando as duas metodologias utilizadas, nos casos positivos, GI (82,5% -47/57) foi mais frequente do que GII (79,0% - 45/57). Porém, na maioria das amostras houve coexistência dos dois genogrupos (61,4% - 35/57), principalmente nas amostras do igarapé Tucunduba e EEE-UNA, considerados os locais mais contaminados por NoV. Por outro lado, na ETA-Bolonha esse agente não foi encontrado. Das 57 amostras positivas por TaqMan® PCR em tempo real e/ou semi nested RT-PCR, 53 foram retestadas para a região 5’-terminal da ORF2, uma vez que quatro apresentaram quantidade insuficiente de material que permitisse uma nova análise, assim em 47,2% (25/53) o genoma de NoV foi detectado, das quais 12% (3/25) pertenciam ao GI, 24% (6/25) ao GII e 64% (16/25) para ambos. Os genótipos mais frequentes de GI e GII foram respectivamente GI.8 (n=8) e GII.4 (n=12), porém outros genótipos foram observados com menor incidência como GII.6 (n=3), GII.9 (n=2), GII.12 (n=1), GII.14 (n=1), GI.1 (n=1) e GI.4 (n=2). Devido a baixa qualidade das sequências obtidas oito amostras não puderam ser genotipadas para GI e três para GII. Das 96 amostras com concentração de coliformes termotolerantes acima do recomendado, 34 (35,4%) também foram positivas para NoV. Aumento na condutividade e sólidos totais dissolvidos foi observado nos materiais do Ver-o-Peso e igarapé Tucunduba, assim como a turbidez foi nitidamente mais elevada nesses locais e no Porto do Açaí. No período menos chuvoso (julho a novembro) houve uma tendência no aumento da positividade para NoV, e nos meses de maior pluviosidade (dezembro a junho) notou-se um decréscimo na incidência desse agente. Os resultados obtidos no presente estudo apontam a circulação de NoV GI e GII nos ambientes aquáticos de Belém, revelando a degradação que estes corpos hídricos vêm sofrendo como consequência da precariedade ou ausência de saneamento na nossa cidade, permitindo a permanência nesses ecossistemas, juntamente com seus efluentes, de patógenos causadores de doenças.