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Acesso aberto (Open Access)
Análise multivariada de características clínicas de PET/MAH e níveis de expressão gênica e derivação de modelos de predição diagnóstica em pacientes infectados com o HTLV-1
(Universidade Federal do Pará, 2017) VIRGOLINO, Rodrigo Rodrigues; RODRIGUES, Anderson Raiol; http://lattes.cnpq.br/4030747999301402
A Paraparesia Espástica Tropical/Mielopatia associada ao Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (PET/MAH) é uma condição debilitante causada pela inflamação do tecido nervoso medular, por ação do HTLV-1. Neste trabalho objetivou-se avaliar a classificação de indivíduos infectados pelo vírus e propor um modelo de predição clínica para a ocorrência de PET/MAH. Foi utilizado um banco de dados composto de 63 indivíduos infectados, sendo 23 com diagnóstico de PET/MAH pelos critérios da OMS, e variáveis preditoras funcionais (variáveis ordinais), níveis de expressão gênica (variáveis contínuas) e a variável demográfica sexo. Em um primeiro momento uma técnica de análise de componentes principais mista foi empregada, seguida de análise de conglomerados hierárquica, para investigar a associação dos indivíduos em grupos, de forma não supervisionada, e comparar com a classificação definida pelos profissionais clínicos. Em um segundo momento, foram derivados modelos de predição diagnóstica com base em regressão logística binária penalizada, a qual é adequada nos contextos de tamanho amostral reduzido. A análise não supervisionada mostrou que os pacientes se organizavam em três grupos, sendo um grupo de pacientes com PET/MAH, um grupo de pacientes sem PET/MAH e um grupo intermediário, que comporta indivíduos com e sem a doença. Na modelagem estatística foram derivados dois modelos, um com critério de penalização 0,032 e outro com critério 0,1, mais extremo, sendo ambos avaliados por validação interna usando validação cruzada de 10 vezes. As variáveis que compuseram os modelos finais foram: grau de alteração na marcha, escore de Tinetti, tônus do músculo adutor direito e esquerdo e tônus do tríceps sural esquerdo. O uso de métodos estatísticos de predição pode ser útil como ferramenta de apoio à decisão diagnóstica de PET/MAH, especialmente em contextos de recursos limitados.
Acesso aberto (Open Access)
Caracterização molecular in silico de uma mono-oxigenase lítica de polissacarídeo cianobacteriana
(Universidade Federal do Pará, 2024-03) VIRGOLINO, Rodrigo Rodrigues; GONÇALVES, Evonnildo Costa; http://lattes.cnpq.br/8652560763793265; https://orcid.org/0000-0003-2221-1995 País de Nacionalidade Brasil
As mono-oxigenases líticas de polissacarídeos (LPMOs, do inglês Lytic polysccharide monooxygenases) são enzimas dependentes de cobre que catalisam a clivagem oxidativa de ligações glicosídicas β(1-4) e têm despertado grande atenção por se mostrarem importantes em aumentar a eficiência da degradação de substratos poliméricos recalcitrantes, em sinergismo com a ação de enzimas hidrolíticas, como uma função acessória. No entanto, as LPMOs atuam via clivagem oxidativa ao invés de hidrólise. Em aplicações industriais, LPMOs de origem fúngica são as mais frequentes, enquanto outros grupos taxonômicos têm sido descritos como possíveis fontes alternativas destas enzimas. No presente estudo, objetivou-se identificar e caracterizar in silico uma LPMO de origem cianobacteriana com funções putativas na despolimerização de quitina. A busca por similaridade de sequências e conservação de domínios com outras LPMOs já caracterizadas identificou uma proteína de 289 AAs da cianobactéria Mastigocoleus testarum da Ordem Nostocales, sendo uma provável LPMO da classe CAZy-AA10. Esta proteína é referida como MtLPMO10. A análise filogenética relevou que a MtLPMO10 é homóloga à proteína Tma12 da samambaia Tectaria macrodonta, com 52,11% de identidade, a qual foi a primeira LPMO caracterizada como proveniente do reino vegetal. A ocorrência de padrões estruturais e funcionais compartilhados com outras LPMOs da classe AA10, bem como a existência de variações nesses padrões estabelecidos, contribui para o entendimento das funções biológicas dessa classe de enzimas. A disposição terciária proteica predita pelo servidor AlphaFold apontou características estruturais comuns às LPMOs, em especial uma braçadeira de histidinas compostas pela His31 e His132 e um domínio similar à imunoglobulina composto de fitas beta antiparalelas. A simulação de dinâmica molecular (DM) permitiu avaliar a afinidade entre enzima e prováveis substratos, utilizando uma pose inicial baseada em dados obtidos da literatura. Houve estabilidade do complexo MtLPMO10-quitina durante 100ns de DM, enquanto o complexo MtLPMO10-celulose desfez-se em 30ns de DM. Também, houve uma menor distância Cu(I)-H4 no primeiro complexo, comparada à distância Cu(I)-H1 (médias 6,0 ± 0,7 Å e 7,9 ± 0,7 Å, respectivamente), sugerindo uma regioseletividade do tipo C4, como definido para a Tma12. Este estudo destaca a existência de mono-oxigenases líticas de polissacarídeos em cianobactérias, e abre caminho para novas investigações relacionadas a esta classe enigmática de enzimas e seu potencial uso em aplicações biotecnológicas.