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Acesso aberto (Open Access)
Busca e classificação sistemática das proteínas oxigenases com ferro não hêmico em plantas
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-06) SOUSA, Kellen Rayanne Matos de; DARNET, Sylvain Henri; http://lattes.cnpq.br/4586614214029929
As proteínas oxigenases com ferro não hêmico compartilham um domínio conservado composto por oito histidinas, podem ser encontradas em organismos eucariotos e procariotos, e participam de importantes vias de biossíntese lipídica. Para compreender a relação evolutiva existente entre essas proteínas, foram realizadas análises comparativa e filogenética em procariotos e eucariotos que permitiram uma classificação dessa família, até então inexistente. A busca de seqüências resultou, após a curadoria, em uma coleção de 448 proteínas, pertencentes a 58 organismos previamente selecionados dentro dos principais taxa. O alinhamento múltiplo de seqüências gerado com a ferramenta MAFFT (BLOSUM 62; L-INS-i) mostrou a presença do domínio de histidinas com espaçamento conservado entre os motivos. A classificação das proteínas feita com o software CLANS gerou 28 grupos a partir da similaridade entre pares de seqüências. Dentre esses, 2 contêm seqüências que não tiveram similaridade com proteínas já caracterizadas e 48 seqüências não foram atribuídas a quaisquer dos grupos formados. As seqüências de plantas, representadas por 119 seqüências da coleção, foram distribuídas em 7 grupos correspondentes às funções C4 metilesterol monoxigenase, C5 esterol desaturase, ácido graxo hidroxilase, esfingolipídeo C4 monooxigenase, aldeído decarbonilase, β-caroteno hidroxilase e Acil-ACP desaturase. A análise filogenética, utilizando o método de máxima verossimilhança com a ferramenta PhyML, mostrou a formação de grupos bem definidos e que foram similares aos gerados por CLANS. Esses resultados começam a preencher a lacuna existente até o momento acerca da relação evolutiva e da classificação das oxigenases com ferro não hêmico. Além disso, sugerem que dentro dessa família ainda há proteínas com funções desconhecidas, reforçando a necessidade de realizar mais estudos de caracterização funcional das mesmas.
Acesso aberto (Open Access)
Isolamento de microssatélites de espécies madeireiras no contexto da sustentabilidade genética no manejo florestal
(Universidade Federal do Pará, 2004-05-10) VINSON, Christina Cleo; Yamaguishi, Ana Yamaguishi; http://lattes.cnpq.br/7012636819010752; SAMPAIO, Maria Iracilda da Cunha; http://lattes.cnpq.br/2482763145819602
Acesso aberto (Open Access)
Método de identificação de genes taxonomicamente restritos em dados de RNA-seq em organismo não modelo
(Universidade Federal do Pará, 2015-09-28) OLIVEIRA, Lorena Silva de; DARNET, Sylvain Henri; http://lattes.cnpq.br/4586614214029929
A pimenta do reino (Piper nigrum) é uma planta de alto interesse biotecnológico, alvo de pesquisas tanto para a exploração do metabolismo quanto para o melhoramento relacionado a problemas fitopatológicos, além do entendimento da evolução das angiospermas basais, grupo ancestral ao qual ela pertence. O avanço nos métodos de sequenciamento de nova geração proporcionou o acesso ao patrimônio genético de plantas não modelo possibilitando a abertura de novas perspectivas biotecnológicas. A identificação de genes não homólogos restritos a certas espécies, denominados genes taxonomicamente restritos (GTRs), é um alvo biotecnológico prioritário, especialmente em espécies e grupos divergentes e ancestrais. Este trabalho tem por objetivo estabelecer um método de identificação de GTRs a partir de dados de RNA-seq e de validar a abordagem num conjunto de dados de pimenta do reino. O método consiste na filtragem de transcritos em várias etapas, de forma que os transcritos anotados e os falsos positivos são retirados, e os dados restantes sem informações moleculares são classificados como potenciais GTRs. A aplicação da abordagem em dados de transcriptoma de pimenta do reino (35.631 transcritos) resultou em 22.661 transcritos anotados por similaridade. Os transcritos não anotados nessa primeira análise foram processados na ferramenta TRAPID, obtendo 12.895 transcritos não anotados. A avaliação dos transcritos para detecção de falsos positivos resultou em 245 transcritos verdadeiros, que foram analisados quando a presença de RNA não codificante, sendo encontrados 204 transcritos sem identificação. Ao final da aplicação do método restaram 71 transcritos não anotados com regiões codificantes de proteínas, assinalados como potenciais GTRs. A caracterização desses potenciais GTRs em pimenta do reino pode fornecer novas informações sobre o mecanismo molecular dessa espécie e talvez elucidar vias para o estabelecimento de cultivares tolerantes a doenças.
Acesso aberto (Open Access)
Principais compostos bioativos e capacidade antioxidante no epicarpo do camu-camu (Myrciaria dubia) em função da maturação
(Universidade Federal do Pará, 2014-06-25) SOUZA, Aline Ozana de; MATTIETTO, Rafaella de Andrade; http://lattes.cnpq.br/7832266671782588; LOPES, Alessandra Santos; http://lattes.cnpq.br/8156697119235191
O estudo teve como objetivos, analisar as características físicas, composição físicoquímica, os principais compostos bioativos e a capacidade antioxidante do epicarpo do camu-camu, em função do estádio da maturação em frutos de diferentes genótipos provenientes de planta matrizes do Banco Ativo de Germoplasma de Camucamuzeiro da Embrapa Amazônia Oriental. Foram coletados frutos de três genótipos, escolhidos ao acaso, em três estádios de maturação. Os resultados foram expressos em base seca e analisados por meio de Análise de Variância, teste de comparação de médias de Tukey e Coeficiente de Correlação de Pearson, com intervalo de confiança de 95%. Para as análises físico-químicas, houve um comportamento diferente para cada progênie, em função da maturação, com exceção do teor de carboidratos que aumentou em todas as progênies. Para vitamina C, as progênies 38 e 44 apresentaram uma elevação do teor de ácido ascórbico, comparando os estádios verde e maduro, e a progênie 17 demonstrou diminuição durante a maturação; o maior teor de vitamina C foi encontrado na progênie 44, estádio maduro (24,02 g/100g). Todas as progênies apresentaram uma elevação no teor de fenólicos totais e antocianinas ao longo da maturação, sendo que os maiores valores foram demonstrados pela progênie 17 (3298,98 mg AGE/100g) e 44 (165,91 mg/100g) respectivamente. Os flavonóis e carotenoides apresentaram um comportamento distinto e estatisticamente diferente em cada progênie, sendo que o maior teor de flavonóis foi encontrado na progênie 17, no estádio verde (343,63 mg QE/100g) e de carotenoides na progênie 44, estádio maduro (105,88 mg/100g). Em relação à atividade antioxidante baseada no método DPPH, as progênies 38 e 44 apresentaram o mesmo comportamento ao longo da maturação, com maior atividade antioxidante no estádio semimaduro e menor no verde, sendo que a maior atividade antioxidante foi encontrada na progênie 17, no estádio maduro (38,95 g fruta/g). Já pelo método ABTS, a atividade antioxidante foi estatisticamente diferente para todas as progênies e em todos os estádios de maturação, com maior valor apresentado pela progênie 44, no estádio maduro (1701,63 μM trolox/g). Avaliando-se a relação entre os compostos bioativos e a atividade antioxidante, a progênie 17 obteve mais correlações estatisticamente significativas. Pode-se concluir que o fator variedade genética causa diferenciações na síntese de diversos compostos durante a maturação de frutos de camucamuzeiro.
Acesso aberto (Open Access)
Proteína PR-4 de pimenteira-do-reino (piper nigrum l.): expressão heteróloga em sistema bacteriano e avaliação funcional
(Universidade Federal do Pará, 2015-02-06) SILVA, Diehgo Tuloza da; SOUZA, Cláudia Regina Batista de; http://lattes.cnpq.br/3633972375952822
Proteínas Relacionadas à Patogênese (PR) são induzidas em resposta ao ataque de patôgenos. Proteínas PR são agrupadas em 17 famílias, PR-1 a PR-17. Atividades antifúngicas e enzimáticas foram descritas para algumas dessas proteínas. Entre elas, a família PR-4 compõe as classes I e II de quitinases de plantas. Um clone de cDNA que codifica uma PR-4 da classe II, nomeada PnPR-4, foi isolado, em estudos anteriores, de Piper nigrum L. (pimenteira do reino). Esta é uma importante cultura para Brasil, principalmente no estado do Pará, no entanto sua produção tem diminuído devido à doença conhecida como podridão da raiz (Fusariose) causada pelo fungo Fusarium solani f. sp. Piperis. Neste trabalho, o cDNA da PnPR-4 foi usado para a produção da proteína recombinante, chamada de PnPR-4. O quadro de leitura aberta (ORF) da PnPR-4, foi amplificado por meio de ensaio de PCR e, em seguida a ORF foi ligada ao vetor de expressão pET-29(a) e introduzido, por eletroporação, em E. coli Rosetta (DE3). Nas células transformadas, a produção da proteína de interesse foi induzida por IPTG 1mM à 37°C por 5h. Após a produção, a atividade enzimática da proteina recombinante PnPR-4 foi avaliada pela detecção da atividade enzimática de quitinase em gel de poliacrilamida após eletroforese. A atividade foi avaliada em pH: 5.0 e pH:7.8 para demonstra a estabilidade da proteína recombinante. A massa molecular da PnPR-4 foi de 13.5 kDa, estando de acordo com outras PR-4 produzidas pelo sistema de expressão heterologa em sistema bacteriano. No ensaio de atividade enzimática, a PnPR-4 apresentou atividade quitinolitica, tanto em pH:5.0 ou pH:7.8. Esta é uma característica de chitinases de plantas, atividade em uma ampla faixa de pHs. Onde, a atividade ótima ocorre entre pH: 3.0 e 5.0. Na proteína recombianante, o pH ótimo foi 5.0, no entato ela teve atividade em pH 7.8, demonstrando a estabilidade da enzima. Estes resultados mostram que o sistema bacteriano de expressão heteróloga é eficaz para a produção da proteína recombinante PnPR-4, que é uma enzima com atividade quitinolitica e altamente estável. Assim, a PnPR-4 é uma nova enzima que pode ser usado em biotecnologia vegetal no combate contra fungos patogênicos da planta.