Navegando por Assunto "Docagem molecular"

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Atividade anticolinesterásica dos óleos essenciais e componentes majoritários de Piper spp e Aniba canelilla e docagem molecular do 1-nitro-2-feniletano
(Universidade Federal do Pará, 2013-05-28) SILVA, Nayla Nunes dos Santos; ANDRADE, Eloisa Helena de Aguiar; http://lattes.cnpq.br/3827055876022373; MAIA, José Guilherme Soares; http://lattes.cnpq.br/1034534634988402
Atualmente, a Doença de Alzheimer (DA) é considerada um dos grandes problemas de saúde pública em todo o mundo e uma das principais complicações da patologia é o déficit de atividade dos neurônios colinérgicos, fato esse, que pode ser revertido e/ou atenuado elevando os níveis do neurotransmissor acetilcolina (ACh). A maneira mais eficaz de aumentar a quantidade de acetilcolina disponível é a inibição da enzima acetilcolinesterase (AChE). Na busca por novos inibidores colinesterásicos de origem natural, cinco óleos essenciais da região amazônica e seus componentes majoritários foram investigados utilizando o ensaio de inibição da AChE por bioautografia direta. Os óleos e componentes majoritários foram: Aniba canelilla (1-nitro-2-feniletano), Piper aduncum (dilapiol), P. callosum (safrol), P. divaricatum (metileugenol) e P. marginatum (safrol+3,4-metilenodioxipropiofenona). Os óleos de A.canelilla e P. aduncum apresentaram halo de inibição enzimática nas quantidades de 0,01 ng e 1ng, respectivamente. O óleo de P.marginatum apresentou fraca atividade (~100 ng) e os óleos de P. callosum e P. divaricatum foram inativos. Dentre os constituintes majoritários que apresentaram atividade estão os fenilpropanóides 1-nitro-2-feniletano isolado do óleo de A.canelilla, safrol e elemicina, isolados do óleo de P. callosum, que inibiram a AChE nas quantidades de 0,01, 1000 e 1000 ng, respectivamente. Os resultados indicam que o óleo de A. canelilla e 1-nitro-2-feniletano inibem a AChE nas mesmas proporções do padrão fisostigmina. O estudo de docagem molecular complementou os resultados experimentais e demonstrou que o grupo nitro do 1-nitro-2-feniletano forma ligação do tipo ponte de hidrogênio com o grupo hidroxila do resíduo de serina catalítica da molécula de AChE, sugerindo que o caráter eletronegativo do 1-nitro-2-feniletano pode ser responsável por esta forte interação química.
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Interações de carvão ativado, fármacos e libidibia ferrea contra o vírus SARS-COV-2
(Universidade Federal do Pará, 2021-08-25) ARAÚJO, Herica Daniele Costa; CHAVES NETO, Antonio Maia de Jesus; http://lattes.cnpq.br/3507474637884699; https://orcid.org/0000-0002-9730-3512
As elevadas taxas de infecção e mortalidade da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2) ou infeção chamada COVID-19 tem causado severos impactos sócioeconômicos mundialmente. A transmissão ocorre basicamente pelo contato com fluidos corporais. Nas vias aéreas, por spray de gotículas e/ou aerossóis suspensos no ambiente e/ou depositados em superfícies. A eficácia do uso de máscaras eficientes na contenção do contágio é uma necessidade. O presente trabalho avaliou a capacidade de adsorção dos filtros contendo carvão ativado e carvão ativado modificado durante a nanofiltragem nas máscaras com maiores eficácias. As possíveis interações entre a proteína de pico e da membrana com o carvão ativado não modificado com oxigênio e o carvão ativado modificado com oxigênio foram avaliadas por docagem molecular e dinâmica molecular. Utilizou-se os softwares Autodock Vina 4.2.6 e AMBER 16 nas simulações. Resultados dos complexos formados entre ligante-receptor tiveram a energia de afinidade, o desvio quadrado médio da raiz (RMSD) e a energia livre de Gibbs de ligação avaliados. O carvão ativado modificado com oxigênio demostrou maior espontaneidade nas interações proteicas. E, outra frente de combate ao coronavírus foi abordada neste trabalho: o tratamento dos infectados, pois avaliou-se a ação inibitória dos princípios ativos de retrovirais conhecidos pela literatura, bem como novos compostos da flora brasileira docados com as proteínas de pico (S-pro), membrana (M-pro) e envelope (E-pro). Três fármacos (Colchicina, Nafamostato e Selinexor) e três compostos originados da Libidibia ferrea ou Caesalpinia ferrea (Ácido Elágico, Pauferrol A e Sitosterol) interagiram como ligantes. E, após a docagem, demonstrou-se graficamente as energias de afinidade mais favoráveis dos sítios ativos estabelecidos entre ligantes e receptores. A docagem foi realizada por meio do servidor SwissDock. As interações dos ligantes Pauferrol A e Colchicina com as proteínas contidas na superfície viral apresentaram destaque por estabelecerem melhores afinidades energéticas.
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Interações de ftalocianinas de Co, Cu e não metálicas com estruturas externas de SARS-CoV-2 utilizando docking e dinâmica molecular
(Universidade Federal do Pará, 2021-12-22) ALENCAR, Wilson Luna Machado; CHAVES NETO, Antonio Maia de Jesus; http://lattes.cnpq.br/3507474637884699; https://orcid.org/0000-0002-9730-3512
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Obtenção e avaliação dos extratos e óleos de canela e cipó d’ alho e aplicação em filmes biodegradáveis: estudo experimental e teórico
(Universidade Federal do Pará, 2022-08-30) NASCIMENTO, Fabiana Cristina de Araújo; BRASIL, Davi do Socorro Barros; http://lattes.cnpq.br/0931007460545219; https://orcid.org/0000-0002-1461-7306; JOELE, Maria Regina Sarkis Peixoto; http://lattes.cnpq.br/2618640380469195; https://orcid.org/0000-0001-5442-0615
Diversas especiarias como as frutas secas e grãos alimentíceos são propícios à contaminação por fungos filamentosos, como a espécie Aspergillus niger, aumentando o risco da ingestão de micotoxinas por parte da população. A produção de filmes biodegradáveis adicionados de extratos e óleos essenciais podem conferir aos mesmos propriedade antifúngicas. Com isso, este trabalho teve como objetivo desenvolver filmes biodegradáveis a base de amido de mandioca com adição de extratos e óleos de canela e cipó d’alho e avaliar sua eficiência perante o fungo Aspergillus niger. Os extratos etanólicos e aquosos foram obtidos por extração por soxlet e maceração, respectivamente, enquanto que, os óleos foram obtidos por hidrodestilação. Para identificação dos compostos majoritários dos extratos e óleos foram realizadas análises de RMN e de Cromatografia Gasosa. Esses compostos identificados foram selecionados como ligantes perante a enzima glicose oxidase produzida pelo fungo para o estudo teórico por meio de Docagem Molecular. Os extratos e óleos foram avaliados em testes antifúngicos de difusão em discos e poços, respectivamente. Os filmes biodegradáveis foram elaborados com extrato e óleos de canela e cipó d’alho que apresentaram melhor desempenho nos testes antifúngicos. Todos os filmes elaborados foram avaliados no teste antifúngico por meio da técnica de difusão em discos. No estudo teórico por meio da Docagem Molecular, todos os ligantes presentes nos extratos e óleos apresentaram ligações de hidrogênio com os resíduos de aminoácidos chave da enzima glicose oxidase sendo Histidina (His 559 A), Treonina (Thr 110 A) e Arginina (Arg 512 A). Nos testes antifúngicos, o extrato etanólico da espécie vegetal cipó d’alho apresentou maior halo de inibição de 15mm na concentração de 20mg/ml enquanto que os testes antifúngicos para os óleos, nos volumes de 1 µL; 5 µL e 10 µL revelaram a formação de halos de inibição de 25mm; 28mm e 30 mm para o óleo da canela. Enquanto que, no filme com o óleo do cipó d’alho, ocorreu a inibição da germinação do referido fungo durante 9 dias de experimento. Os testes antifúngicos dos filmes revelaram que os filmes com surfactante contendo óleo do cipó d’alho não apresentaram halos de esporulação e nem crescimento micelial sobre os filmes 1 e 2 durante as 48h do experimento, sugerindo que ocorreu inibição do crescimento do fungo por meio dos filmes.