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Análise filogeografica e populacional do gênero Corythopis sundevall, 1936 (Aves: Rhynchocyclidae)
(Universidade Federal do Pará, 2012) SOUSA, Shirliane de Araújo; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570; SANTOS, Marcos Pérsio Dantas; http://lattes.cnpq.br/7941154223198901
O gênero Corythopis pertence à família Rhynchocyclidae e agrupa vários táxons sobre cujos limites e validade ainda deixam dúvidas, o que gera incertezas quanto a real quantidade de unidades evolutivas diagnosticáveis dentro do grupo. Esse gênero possui duas espécies reconhecidas: Corythopis delalandi, monotípica e distribuída nos biomas Mata Atlântica e Cerrado; e C. torquatus (endêmica da Amazônia), na qual são reconhecidas três formas, caracterizadas e distinguíveis uma das outras pelo padrão de tons de marrom na cabeça: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855) e C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. O objetivo deste estudo é tentar reconstruir os contextos temporais e espaciais do processo de diversificação das diferentes linhagens evolutivas de Corythopis, possibilitando inferências sobre a história evolutiva e limites inter e intraespecíficos do grupo. Foram realizadas análises filogeográficas (ML e IB) e populacionais com base em um marcador mitocondrial (ND2), além de uma árvore de espécies com dois marcadores nucleares (MUSK e βf5) e um mitocondrial (ND2). De acordo com os resultados observados, existem cinco filogrupos principais em Corythopis, endêmicos das seguintes regiões (áreas de endemismo): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (norte; a leste do rio Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (sul, a oeste do rio Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. Os resultados das análises filogenéticas e populacionais indicaram a existência de dois clados reciprocamente monofiléticos sustentados por altos apoios de bootstrap (>80%) e probabilidades posteriores (> 0.95), concordando desse modo com a taxonomia atual para o gênero Corythopis, que reconhece uma espécie biológica na Amazônia (C. torquatus) e outra na Mata Atlântica e Cerrado. A árvore de espécie concorda com as demais análises, mostrando que existem apenas duas linhagens reciprocamente monofiléticas em Corythopis bem apoiadas estatisticamente: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) e C. delalandi (F5), reforçando o seu status como espécies biológicas independentes. O padrão biogeográfico de separação entre os diferentes filogrupos Amazônicos de Corythopis é bem diferente daquele reportado até hoje para diferentes linhagens de aves Amazônicas, onde os eventos iniciais de separação envolveram populações dos escudos brasileiros e das Guianas.
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Aplicação de redes neurais artificiais na classificação de padrões filogeográficos com base na variabilidade genômica do DNA mitocondrial
(Universidade Federal do Pará, 2007-12-20) GOMES, Larissa Luz; SANTOS, Ândrea Kely Campos Ribeiro dos; http://lattes.cnpq.br/3899534338451625; OLIVEIRA, Roberto Célio Limão de; http://lattes.cnpq.br/4497607460894318
Historicamente, o processo de formação das populações da Amazônia, assim como de todo território brasileiro, envolveu três grupos étnicos principais: o ameríndio, o europeu e o africano. Como conseqüência, estas populações possuem em geral constituição miscigenada do ponto de vista social e biológico. Desde o final do século passado, estudos do DNA mitocondrial (mtDNA) tem sido desenvolvidos com o propósito de estimar a mistura interétnica presente nestas populações. Para isto, é de fundamental importância a classificação de uma determinada linhagem de mtDNA em um dos mais de 250 haplogrupos/subclados propostos na literatura. Com o objetivo de desenvolver um sistema automatizado, preciso e acurado de classificação de seqüências (linhagens) de mtDNA, o presente trabalhou lançou mão da técnica de Redes Neurais Artificiais (RNA’s) tendo como base os estudos de filogeografia. Para esta classificação, foram desenvolvidas quatro redes neurais artificiais diretas, com múltiplas camadas e algoritmo de aprendizagem de retropropagação. As entradas de cada rede equivalem às posições nucleotídicas polimórficas da região hipervariável do DNA mitocondrial, as quais retornam como saída a classificação específica de cada linhagem. Posterior ao treinamento, todas as redes apresentaram índices de acerto de 100%, demonstrando que a técnica de Rede Neural Artificial pode ser utilizada, com êxito, na classificação de padrões filogeográficos com base no DNA mitocondrial.
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Biogeografia e filogeografia comparada do complexo Micrastur ruficollis (Aves, Falconidae)
(Universidade Federal do Pará, 2012) SOARES, Leonardo Moura dos Santos; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570; SANTOS, Marcos Pérsio Dantas; http://lattes.cnpq.br/7941154223198901
Esta dissertação de mestrado possui dois objetivos gerais: (a) investigar a filogeografia comparada de três espécies do complexo Micrastur ruficollis (M. ruficollis, M. gilvicollis e M. mintoni), que ocorrem na bacia amazônica, com a finalidade de identificar os contextos temporal e espacial da diversificação do grupo no bioma; e (b) reavaliar com base em caracteres moleculares o status taxonômico e limites interespecíficos entre os táxons do complexo. Para a melhor apresentação da Dissertação, os objetivos serão cobertos no artigo "Revisão sistemática e biogeografia do complexo M. ruficollis (Aves Falconidae)" o complexo de espécies Micrastur ruficollis é de especial interesse para estudos de filogeografia na bacia amazônica, pois preenche requisitos básicos como a existência de espécies politípicas e com ampla distribuição na bacia amazônica. Portanto, tem sido de interesse para aqueles que tentam entender a história de diversificação desta região. Aqui utilizamos análises filogenéticas, biogeográficas e estimativas do tempo de diversificação deste grupo para tentar revelar um cenário especial e temporal de diversificação dentro da Amazônia e fornecer novas evidências sobre a importância destes processos históricos na formação do bioma.
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Diversidade de espécies no complexo Monodelphis brevicaudata (Didelphimorphia:Didelphidae), inferida por dados moleculares e morfológicos
(Universidade Federal do Pará, 2009) PAVAN, Silvia Eliza D´Oliveira; ROSSI, Rogério Vieira; http://lattes.cnpq.br/0447251112059340
O complexo de espécies M. brevicaudata possui distribuição reconhecida para o Norte da América do sul e compreende três espécies descritas ‐ M. brevicaudata, M. glirina, e M. palliolata ‐ e duas não descritas, reconhecidas em estudos prévios. A delimitação de espécies baseada somente em caracteres morfológicos é complicada, de forma que diversos táxons nominais já foram associados ao grupo e diversos arranjos taxonômicos foram propostos. Os poucos estudos baseados em dados moleculares que incluíram espécimes do complexo brevicaudata revelaram altas taxas de divergência genética. Este trabalho buscou elucidar a sistemática do complexo de espécies M. brevicaudata através do estudo dos padrões de variação morfológica e genética. Para tal, desenvolvemos análises filogenéticas baseadas em dois genes mitocondriais: citocromo b e 16 S rDNA. Adicionalmente, estudamos a morfologia externa e craniana dos espécimes, investigando a existência de congruência entre a variação genética e morfológica. As análises morfológicas foram, em geral, congruentes com as moleculares, as quais indicaram os mesmos clados em todas as análises filogenéticas. Foram formalmente reconhecidas nove espécies para o complexo. Monodelphis brevicaudata, M. palliolata e M. glirina são consideradas espécies válidas; M. touan é revalidado da sinonímia de M. brevicaudata e duas espécies novas são descritas e nomeadas; a espécie M. domestica provou ser intimamente relacionada a espécimes do grupo brevicaudata, sendo aqui considerada como integrante do referido grupo; duas espécies reconhecidas como distintas permanecem sem uma descrição formal; M. maraxina é sinonimizada com M. glirina. Foi observado dimorfismo sexual para as espécies estudadas, sendo que para as duas espécies estatisticamente testadas (teste T de student), M. glirina e M. sp. nov. “Trombetas”, os machos apresentaram crânios significativamente maiores que as fêmeas. Rios de grande porte parecem ter participado na diferenciação genética e estruturação filogeográfica das espécies. O padrão filogeográfico encontrado sugere ao menos dois centros de diversificação para o grupo, um no escudo das Guianas, envolvendo as espécies ao norte do rio Amazonas, e outro no escudo brasileiro, envolvendo M. glirina e M. domestica.
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Diversificação morfológica e molecular em lagartos Dactyloidae sul-americanos
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-30) D’ANGIOLELLA, Annelise Batista; CARNAVAL, Ana Carolina de Queiroz; http://lattes.cnpq.br/1268469210243345; PIRES, Tereza Cristina Ávila; http://lattes.cnpq.br/1339618330655263
A compreensão dos padrões de distribuição da diversidade biológica, tem sido um tema amplamente discutido em estudos ecológicos e biogeográficos nas últimas décadas (Gaston, 2000; Ricklefs, 2004; Diniz-Filho et al., 2009). Nesse contexto, a região neotropical sul-americana destaca-se pela sua alta diversidade, distribuída nos mais diversos biomas (Morrone, 2004; Turchetto-Zolet et al., 2013). Estudos recentes demonstram que as alterações climáticas e geomorfológicas apoiam um cenário de mudanças complexas na paisagem do continente, influenciando na distribuição espacial dos táxons, riqueza de espécies, endemismos, diversidade genética e padrões biogeográficos observados (Nores 2004; Rull, 2008; Antonelli et al, 2009; Carnaval et al, 2009; Hoorn et al, 2010; Thomé et al., 2010; Werneck et al, 2012; Ribas et al 2012; Turchetto-Zolet et al., 2013, Rull, 2011, 2013). A conformação atual da América do Sul foi grandemente influenciada pelo soerguimento dos Andes, processo iniciado há aproximadamente 65 Ma, causando alterações climáticas e hidrográficas no continente (Hoorn et al. 1995; Van der Hammen & Hooghiemstra, 2000). Uma das principais consequências da elevação dos Andes foi a alteração do padrão de drenagem continental, levando à formação da bacia amazônica como a conhecemos atualmente (Hoorn et al 2010). Embora haja discordâncias sobre quando o Rio Amazonas começou a correr para o leste, a partir dos Andes, diferentes dados indicam que este já havia atingido seu fluxo atual a partir do Plioceno inferior (Figueredo et al. 2009; Latrubesse et al. 2010). Ainda que em menor escala, contudo, movimentos tectônicos continuaram a ocorrer na região, produzindo alterações ao menos locais, até o início do Holoceno (Rosseti et al. 2005; Rosseti & Valeriano, 2007).
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Filogeografia comparada de aves com distribuição trans-amazônica e trans-andina
(Universidade Federal do Pará, 2015-05-28) MIRANDA, Leonardo de Sousa; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
As florestas Neotropicais possuem a avifauna mais rica do mundo, com muitos táxons endêmicos; e os padrões de distribuição e variação fenotípica dos organismos nessa região são muito complexos. Muitas hipóteses já foram propostas para tentar explicar os processos de diversificação que resultaram na atual diversidade e nos padrões de endemismo encontrados nessa região. A maior parte dessas hipóteses não havia sido testada devido à dificuldade de falseação das mesmas num contexto filogenético. Contudo, com o acumulo de informações e a disponibilidade de novos métodos analíticos, estão sendo desenvolvidos trabalhos voltados à análise das hipóteses biogeográficas a partir da descrição e dos testes de suas premissas. Estudos de paleoclimatologia e paleoecologia associados a informações da história geológica de uma área produzem cenários que, por sua vez, levam a formulação de hipóteses de diversificação. O contraste destas hipóteses com os padrões de distribuição e relações filogenéticas entre os organismos pode fornecer informações acerca dos eventos de diversificação que influenciaram a origem das espécies atuais. Dessa forma, o principal objetivo desse trabalho é usar dados moleculares de duas espécies de aves com distribuição trans-Amazônica e trans-Andina para contrastar as hipóteses de diversificação, incorporando informações sobre tempos relativos de divergência, áreas ancestrais e meios de diversificação, e realizando inferências sobre quais eventos no passado podem ter influenciado os processos de cladogênese. E finalmente foi avaliado se os padrões espaciais e temporais de divergência entre os filogrupos das espécies estudadas são congruentes para as mesmas barreiras consideradas (por exemplo, principais rios Amazônicos e a cordilheira dos Andes).
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Filogeografia de Bucco tamatia (Aves: Bucconidae): uma linhagem associada a florestas alagadas na Amazônia
(Universidade Federal do Pará, 2013-02) ALMEIDA, Bruno; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570; HTTPS://ORCID.ORG/0000-0002-7816-9725; SANTOS, Marcos Pérsio Dantas; http://lattes.cnpq.br/7941154223198901; https://orcid.org/0000-0001-8819-867X
Neste trabalho nós apresentamos uma análise filogeográfica multilocus da espécie politípica B. tamatia a partir de sequências de dois marcadores mitocondriais (cytb e ND2) e quatro nucleares (BF7, MUSK, G3PDH e CHD) obtidas a partir 45 indivíduos amplamente distribuídos pela Bacia Amazônica. A partir de filogenias, informações de genética populacional e datação molecular foi possível reconstruir o contexto temporal e espacial do processo de diversificação dessa espécie. Nossos dados revelaram a existência de pelo menos três espécies biológicas e cinco espécies evolutivas/filogenéticas no complexo B. tamatia. O estudo revelou ainda uma relação entre áreas de endemismo ainda não descritas na literatura, entre as áreas do extremo leste da Amazônia e o oeste amazônico. Os dados obtidos aqui reforçam que dados moleculares quanto visto como reciprocamente informativos com dados geológicos e ecológicos podem ajudar na reconstrução de cenários evolutivos complexos como o de B. tamatia.
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Filogeografia de Phaethornis bourcieri (Aves:Trochilidae): implicações taxonômicas e biogeográficas
(Universidade Federal do Pará, 2012) SILVA, Lucas Eduardo Araújo; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
Phaethornis bourcieri é uma espécie de beija-flor que habita o sub-bosque de florestas de terra-firme, distribuindo-se por quase toda Amazônia. Atualmente, duas subespécies alopátricas entre si são consideradas válidas, em P. bourcieri: P. b. bourcieri, P. b. major. Apesar de serem aceitos hoje, os táxons têm sua validade, limites interespecíficos e história evolutiva ainda não completamente elucidados. Com isso, foram utilizados caracteres morfológicos e moleculares para rever a taxonomia e propor uma hipótese filogenética para as populações e táxons agrupados em Phaethornis bourcieri. Nossos resultados mostraram que P. bourcieri faz parte do clado de Phaethornis de bico reto juntamente com P. philippii e P. koepckeae e que a subespécie major é mais próxima das últimas espécies em vez de populações agrupadas como bourcieri. Nossas hipóteses filogenéticas recuperaram três principais clados reciprocamente monofiléticos de P. bourcieri da margem norte do rio Amazonas separados pelos rios Negro e Solimões. Estes clados (juntamente com major) são melhor tratados como espécies biológicas e filogenéticas, para as quais apenas três nomes válidos são aplicáveis. A diversificação do clado de Phaethornis de bico reto (P. bourcieri, P. philippii, e P. koepckeae) está centrado na Amazônia e parece estar intimamente ligado com a formação da drenagem amazônica moderna durante o Plio-Pleistoceno.
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Filogeografia do lagarto Kentropyx calcarata Spix 1825 (Reptilia:Teiidae) na Amazônia Oriental
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-02) CRONEMBERGER, Aurea Aguiar; WERNECK, Fernanda de Pinho; http://lattes.cnpq.br/0507204139787803; ÁVILA-PIRES, Teresa Cristina Sauer de; http://lattes.cnpq.br/1339618330655263
Kentropyx calcarata é um lagarto heliófilo, florestal e que habita preferencialmente regiões próximas a igarapés, clareiras naturais ou em bordas de florestas. Possui ampla distribuição na Amazônia central e oriental, abrangendo os países Guyana, Guiana Francesa, Suriname e Brasil, onde além da Amazônia ocorre no nordeste e oeste do Cerrado e em parte da Floresta Atlântica. Estudos anteriores envolvendo K. calcarata apontam uma estruturação geográfica para a espécie, a qual ainda necessita ser melhor investigada. Neste estudo, foi analisado como as populações dessa espécie se estruturam ao longo de sua distribuição na Amazônia e quais os possíveis eventos envolvidos no processo de diversificação. Foram utilizados dois marcadores mitocondriais (16S e Cytb) e dois nucleares (DNAH3 e SINCAIP) para testar as hipóteses dos rios como barreiras e dos refúgios florestais. Além disso, foi verificada a possibilidade de haver deslocamento de caracter em populações simpátricas a K. altamazonica. As linhagens inferidas a partir das análises filogenéticas mostram-se estruturadas, do ponto de vista genético e limitadas pelos principais rios da Amazônia oriental. Algumas populações apresentaram um cenário demográfico que condiz com uma expansão populacional recente, que pode estar relacionado com o período de expansão da área florestal.
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Filogeografia e limites inter-específicos em Dendrocolaptes certhia (Aves:Dendrocolaptidae)
(Universidade Federal do Pará, 2012) BATISTA, Romina do Socorro da Silva; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
A sistemática da espécie politípica Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) foi estudada até hoje apenas com base em caracteres morfológicos e até então não se conseguiu delimitar as relações e propor diagnoses consistentes para todos os táxons / populações agrupados na espécie. Caracteres moleculares se tornam assim uma ferramenta potencial para fornecer um grau maior de resolução acerca da história evolutiva desta espécie politípica. Para tal, foi utilizado um banco de dados multilocus composto de dois genes mitocondriais e três loci diferentes de genes nucleares, e a partir de análises com diferentes abordagens (bayesianas, coalescentes e genético populacionais) foi então proposta a primeira filogeografia para esta espécie. Os dados moleculares sugerem alterações na taxonomia de Dendrocolaptes certhia em relação a arranjos propostos onde propomos um novo tratamento taxonômico que reconhece sete espécies diagnosticáveis ao invés de uma única espécie politípica reunindo todos os táxons de D. certhia. Estas sete espécies estão distribuídas de maneira a corroborar com as principais áreas de endemismo na Amazônia, e sua diversificação parece estar fortemente correlacionada com a formação da drenagem moderna da Amazônia durante os períodos do Plio-Pleistoceno.
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Filogeografia em lagartos no baixo Tocantins, Ilha do Marajó e Sul do Amapá
(Universidade Federal do Pará, 2008) SOUZA, Ana Carla Barros de; GONÇALVES, Evonnildo Costa; http://lattes.cnpq.br/8652560763793265; ÁVILA-PIRES, Teresa Cristina Sauer de; http://lattes.cnpq.br/1339618330655263
Estudos filogeográficos têm ajudado a esclarecer o contexto espacial e temporal da diversificação de organismos amazônicos, o que pode ser diretamente comparado com cenários geológicos específicos. O presente estudo visa fornecer informações que possam auxiliar na reconstituição da história recente do baixo Tocantins/Ilha do Marajó a partir e uma análise filogeográfica de Gonatodes humeralis e Kentropyx calcarata. Adicionalmente, a utilidade do gene citocromo oxidase I como marcador para estudos populacionais de lagartos foi avaliada. Dados de 49 exemplares de G. humeralis e 32 de K. calcarata de 14 localidades ao sul do Amapá, baixo Tocantins, Ilha do Marajó e de uma externa à área focal do estudo foram analisados. Alem das medidas de diversidade e diferenciação genética, foram possíveis eventos de expansão demográfica recente nestas populações foram avaliados com uso da estatística R2. As relações filogenéticas entre as populações foram avaliadas pela construção de árvores não enraizadas usando-se os métodos de máxima parcimônia (MP) e máxima verossimilhança (MV). Os resultados obtidos demonstram que embora o COI tenha sido raramente utilizado para esta finalidade, a variação observada entre seqüências de populações de G. humeralis e K. calcarata indicam que ele é um marcador útil para análises filogeográficas. As cinco populações de ambas as espécies aqui estudadas, são geneticamente estruturadas. Isso indica um baixo ou mais provavelmente inexistente fluxo gênico entre elas. As relações filogeográficas observadas, embora mais seguramente para G. humeralis que para K. calcarata indicam que ocorreram mudanças significativas em tempos relativamente recentes no sistema de drenagem na região do baixo rio Tocantins e Ilha do Marajó. Isto porque, há neste estudo, fortes indícios de que em tempos pretéritos recentes houve maior movimentação, ativa ou passiva, das espécies entre as regiões do Marajó e oeste do rio Tocantins que teriam sido as mais diretamente afetadas por estas mudanças.
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Genetic characterisation of populations of the critically endangered Goliath grouper (Epinephelus itajara, Serranidae) from the Northern Brazilian coast through analyses of mtDNA
(2008) OLIVEIRA, Gláucia Caroline Silva de; RÊGO, Péricles Sena do; SCHNEIDER, Horacio; SAMPAIO, Maria Iracilda da Cunha; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de
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Molecular phylogenies, chromosomes and dispersion in Brazilian akodontines (Rodentia, Sigmodontinae)
(2009-12) BARROS, Maria Claudene; SAMPAIO, Maria Iracilda da Cunha; SCHNEIDER, Horacio; BONINO, Alfredo Ricardo Langguth
Uma nova filogenia molecular para roedores akodontinos do Brasil é proposta. A árvore filogenética foi enriquecida com a área de ocorrência e com informações sobre o cariótipo das amostras. Baseado nisto, e com a metodologia descrita, foram propostas hipóteses sobre as características do cariótipo e sobre a área de ocorrência dos ancestrais de cada clado. Assim, foi possível discutir hipóteses sobre evolução cromossômica do grupo, e sobre eventos de dispersão a partir da área de diferenciação original dos akodontinos nos Andes. A evolução cromossômica começou com números diplóides altos (2n=52) e mostrou uma tendência a redução (até 2n=14 em clados mais recentes). Ramos independentes da árvore mostraram redução do 2n e num caso aumentou o numero diplóide. Foram propostos pelo menos quatro eventos de dispersão dos Andes até o Brasil Sul-Oriental. Os resultados indicam a direção de novos estudos em cariologia comparada.
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Population structure of Lutjanus purpureus (Lutjanidae - Perciformes) on the Brazilian coast: further existence evidence of a single species of red snapper in the western Atlantic
(2012-12) GOMES, Grazielle Fernanda Evangelista; SAMPAIO, Maria Iracilda da Cunha; SCHNEIDER, Horacio
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Revisão sistemática e filogeografia de Deconychura longicauda (Aves - Dendrocolaptidae)
(Universidade Federal do Pará, 2010) BARBOSA, Ivã; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
Os limites interespecíficos da espécie politípica Deconychura longicauda (Dendrocolaptidae) foram investigados por uma análise conjunta, incluindo caracteres moleculares, morfológicos e vocais. Um total de 1.108 pares de bases de genes mitocondriais Cit b e ND2 foram usados para construir hipóteses filogenéticas, ao passo que os caracteres morfológicos e vocais foram analisados com métodos estatísticos univariado e multivariado. Todas as árvores filogenéticas recuperadas indicam altos níveis de diferenciação genética e estrutura filogeográfica em Deconychura longicauda, com o reconhecimento de quatro grupos principais bem apoiados, geograficamente constituídos por aves (1) do centro de endemismo Guiana no nordeste da América do Sul (2), da bacia amazônica excluindo o escudo das Guianas (3), do sopé oriental dos Andes, e (4), trans-Andinas da América do Sul e América Central. O nível de divergência genética entre estes clados varia de 6-8% (entre as aves Guianenses, não-Guianenses, do sopé dos Andes e trans-Andinas). Embora os caracteres morfológicos contribuam pouco para a diagnose em Deconychura, o canto, por outro lado, consistetemente os distinguem. Nós recomendamos com base, principalmente, em sua diagnose molecular e vocal o desdobramento de D. longicauda nas seguintes espécies filogenéticas e biológicas: Deconychura longicauda, D. pallida, D. zimmeri, D. connectens, D. typica e um táxon ainda não nomeado, endêmico do sopé oriental dos Andes.
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Sistemática molecular e diversificação dos gêneros Nonnula e Monasa (Aves: Bucconidae)
(Universidade Federal do Pará, 2016-10) SOARES, Leonardo Moura dos Santos; SANTOS, Marcos Pérsio Dantas; http://lattes.cnpq.br/7941154223198901; https://orcid.org/0000-0001-8819-867X
As florestas Neotropicais compreendem uma das regiões biogeográficas mais ricas em termos de biodiversidade. E a origem da diversidade Neotropical e sua distribuição espacial tem sido abordada em uma perspectiva biogeográfica, assumindo que essa elevada diversidade foi resultado de fatores históricos associados à mudança da paisagem nessa região. Várias hipóteses biogeográficas baseadas, principalmente, em eventos vicariantes foram propostas na tentativa de explicar os padrões geográficos nos quais se organiza a diversidade biológica na região Neotropical. Dentre elas destacamos: o soerguimento dos Andes, refúgios florestais do Pleistoceno, rios como barreiras e incursões marinhas do Mioceno. Dentro desse contexto, utilizamos dois gêneros da Família Bucconidae: Monasa e Nonnula para tentar interpretar esses padrões de diversificação Neotropical. Esta tese teve como objetivos, reconstituir as relações filogeográficas entre os táxons que compõem os gêneros Nonnula e Monasa, a partir de marcadores moleculares nucleares e mitocondriais; datar os eventos cladogenéticos para inferir quais processos históricos foram responsáveis pela diversificação e tentar estimar o efeito de cada um destes processos entre os diferentes táxons que os vivenciaram. Foram sequnciadas 100 amostras distribuidas em 6 espécies do gênero Nonnulo e 166 amostras para as 4 especies reconhecidas para o gênero Monasa. Nossos dados indicam incongruência entre o tratamento taxonômico atual e a história evolutiva de Nonnula. Nossa análise recuperou 19 linhagens recíprocas monofiléticas dentro de Nonnula, revelando a existência de pelo menos 6 espécies biológicas no complexo N. rubecula. Além disso, nossa análise recuperou 10 linhagens recíprocas monofiléticas em N. ruficapilla que apresentaram parafilética com N. amaurocephala. As distribuições dessas linhagens geralmente coincidem com áreas neotropicais conhecidas de endemismo (AE). Já para o gênero Monasa foram delimitadas 12 linhagens bem suportadas estatisticamente, e que a taxonomia tradicional não representa a diversidade de linhagens desse grupo. Com exceção de Monasa atra, todas as espécies mostraram estruturação filogeografica. Foram recuperadas duas linhagens em M. flavirostris, duas linhagens em M. nigrifrons e 7 linhagens em M. morphoeus. Essas linhagens estão delimitadas pelos principais rios amazônicos. M. flavirostris foi a primeira linhagem a se diversificar, seguido por M. morphoeus que é o táxon irmão de M. atra e M. nigrifrons. A diversidade filogenética desses dois gêneros é subestimada pela taxonomia atual, fornecendo um exemplo de como endemismo enigmático amplamente distribuidos pode ser um bom exemplo para se estudar os padrões filogeográficos na região Neotropical, especialmente na Amazônia.
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Sistemática molecular e filogeografia do gênero Phoenicircus Swainson, 1832 (Aves: Cotingidae)
(Universidade Federal do Pará, 2012) MARTINS, Denise Mendes; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
Muitas hipóteses já foram propostas na tentativa de explicar a origem e manutenção da grande biodiversidade encontrada na Amazônia, entretanto poucas são passíveis de serem testadas sob um ponto de vista filogeográfico. Nós avaliamos padrões de diversificação temporal e espacial de duas espécies de aves endêmicas da região amazônica, as quais apresentam populações alopátricas restritas a diferentes áreas de endemismo e limitadas pelos principais rios da bacia Amazônica. Sequências de dois genes mitocondriais (ND2 e Cytb) e dois nucleares (βf7 e G3PDH intron 11) foram obtidas a partir de 30 indivíduos, abrangendo a área de distribuição total do gênero Phoenicircus e incluindo as duas espécies atualmente válidas P. carnifex e P. nigricollis. A utilização de ferramentas da filogeografia, aliadas a métodos de genética populacional e de datação molecular, nos permitiu reconstruir os contextos espacial e temporal do processo de diversificação destes táxons na região Amazônica, bem como fazer predições sobre sua história geográfica e ambiental. Nossos dados revelaram a existência de quatro grupos geneticamente distintos, evidenciando o status parafilético de P. carnifex e a monofilia recíproca entre as duas populações alopátricas de P. nigricollis, e sugeriram, portanto, alterações na taxonomia atualmente aplicada ao gênero Phoenicircus. A história de evolução de Phoenicircus parece ter sido delineada por dois tipos de eventos vicariantes, inicialmente pela formação dos principais rios da Amazônia, durante os períodos Plio-Pleistoceno, e mais recentemente por eventos de captura de drenagem resultantes da atividade de placas neotectônicas localizadas na região central amazônica, destacando a importância de processos históricos como estes na modelagem da biota Amazônica atual.
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Sistemática, filogenia e biogeografia do gênero Campylorhamphus (Aves: Dendrocolaptidae)
(Universidade Federal do Pará, 2014) PORTES, Carlos Eduardo Bustamante; ALEIXO, Alexandre Luis Padovan; http://lattes.cnpq.br/3661799396744570
Este trabalho foi organizado em quatro seções: Introdução Geral; e as demais seções organizadas em forma de artigo: Capítulo 1 “Molecular systematics and taxonomic revision of the Curve-billed Scythebill complex (Campylorhamphus procurvoides: Dendrocolaptidae), with description of a new species from western Amazonian Brazil”; Capítulo 2 “A new species of Campylorhamphus (Aves: Dendrocolaptidae) from the Tapajós – Xingu interfluve in Amazonian Brazil” e Capítulo 3 “Historical diversification and species limits in the genus Campylorhamphus (Aves: Furnariidae)”.
Acesso aberto (Open Access)
The history of the introduction of the giant river prawn, Macrobrachium cf. rosenbergii (Decapoda, Palaemonidae), in Brazil: new insights from molecular data
(2011) COELHO, Gabriel Iketani; SILVA, Luciana Pimentel da; OLIVEIRA, Gláucia Caroline Silva de; MACIEL, Cristiana Ramalho; VALENTI, Wagner Cotroni; SCHNEIDER, Horacio; SAMPAIO, Maria Iracilda da Cunha
Acesso aberto (Open Access)
Variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus (Linnaeus, 1758) (Serpentes: Typhlopidae)
(Universidade Federal do Pará, 2010) SILVA, Ariane Auxiliadora Araújo; PRUDENTE, Ana Lúcia da Costa; http://lattes.cnpq.br/1008924786363328
As serpentes atuais são tradicionalmente divididas em dois grupos: Alethinophidia, taxonômica e ecologicamente mais diverso e Scolecophidia, grupo de serpentes fossoriais popularmente conhecidas como cobras-cegas, sendo Typhlopidae a família que possui maior número de espécies. Em função do hábito fossorial, os Typhlopidae são pouco representados em coleções cientificas e a escassez de amostras de tecido tem sido um fator limitante para realização de estudos moleculares dessa família. Por isso aspectos da biologia evolutiva como modos de especiação, padrão de diversificação e estruturação geográfica que devido o hábito fossorial e a pouca diferenciação morfológica intra e interespecífica são ainda pouco entendidos. Esse trabalho teve como objetivo analisar a variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus. Para isso foram analisados 314 exemplares de Typhlops, sendo 192 de T. reticulatus. Para análise morfológica foram utilizados caracteres morfométricos, morfológicos (folidose, hemipênis e osteologia craniana). Nas análises moleculares foram sequenciados 21 amostras de T. reticulatus dos genes mitocondriais Coi e Cyt b de diferentes localidades. As árvores filogenéticas foram feitas usando os métodos de Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança e as relações entre os grupos foram inferidos através de rede de haplótipos. Através da combinação de caracteres moleculares e morfológicos foi possível observar a presença de duas linhagens evolutivas distintas de T. reticulatus: uma ao norte do Rio Amazonas e outra ao sul, esta última descrita como nova espécie nesse trabalho. Durante a análise dos exemplares de Typhlops para esse trabalho foi possível identificar duas novas espécies: Typhlops sp nov. 1 presente no Estado do Maranhão e Typhlops sp nov. 2 proveniente de Manaus, Amazonas. Os resultados desse estudo corroboram a afirmação que espécies com ampla distribuição geográfica podem apresentar diversidade críptica considerável e uma história evolutiva mais complexa do que se imagina.