Navegando por Assunto "Marcadores moleculares"

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Acesso aberto (Open Access)
Alterações genômicas quantitativas com potencial clínico no adenocarcinoma gástrico
(Universidade Federal do Pará, 2016-05-31) ARAÚJO, Taíssa Maíra Thomaz; KHAYAT, André Salim; http://lattes.cnpq.br/6305099258051586
O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença.
Acesso aberto (Open Access)
Análises populacionais em Lutjanus purpureus (Poey, 1866) da costa atlântica ocidental a partir de marcadores moleculares
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-02) SILVA, Raimundo Darley Figueiredo da; GOMES, Grazielle Fernanda Evangelista; http://lattes.cnpq.br/5740656339448561; SCHNEIDER, Horacio; http://lattes.cnpq.br/3621033429800270
Organismos marinhos com ampla distribuição são excelentes modelos para o entendimento de padrões de conectividade genética histórica. Lutjanus purpureus, ou pargo, como a espécie é popularmente conhecida, é um Teleósteo marinho pertencente à família Lutjanidae. A espécie distribui- se desde Cuba até o Nordeste do Brasil, sendo frequentemente encontrada sobre fundos rochosos e arenosos. Possui elevada importância econômica, no entanto poucos são os estudos disponíveis acerca da arquitetura genética da espécie. Dos principais objetivos do presente estudo, o primeiro trata do desenvolvimento e caracterização de iniciadores do tipo EPIC, para abordagens populacionais em L. purpureus, e outros teleósteos marinhos. A caracterização de regiões genômicas com polimorfismo suficiente para análises populacionais torna-se fundamental para estudos genéticos com múltiplas regiões não ligadas. Foram obtidos oito iniciadores, boa parte deles possuindo altos níveis de variação genética. Iniciadores EPIC possuem a vantagem de serem aplicáveis em um vasto nível taxonômico, assim estes iniciadores foram testados e amplificados em organismos de outros agrupamentos taxonômicos, portanto um indicativo de que podem ser usuais em abordagens intraespecíficas para vários grupos de peixes marinhos. O segundo objetivo principal foi avaliar questões sobre diversidade genética, demografia e conectividade genética histórica para L. purpureus, utilizando múltiplos loci (DNA mitocondrial e nuclear). Encontrou-se elevados índices de diversidade genética, provavelmente correlacionados a um elevado tamanho efetivo apresentado pela espécie. O pargo, aparentemente, demonstra elevados níveis de homogeneidade genética ao longo da região estudada, o que é coerente com traços biológicos da espécie tais como desova em mar aberto e desenvolvimento pelágico. Em relação a aspectos da demografia histórica, é apresentado um cenário de crescimento populacional, cujo início é datado de aproximadamente 170 mil anos, sendo esse período congruente com um período de máxima glacial para a região do Atlântico ocidental.
Acesso aberto (Open Access)
Caracterização de polimorfismos nos genes DGAT1 E GH em búfalas (Bubalus bubalis)
(Universidade Federal do Pará, 2014-03-11) SILVA, Caio Santos; MARQUES, José Ribamar Felipe; http://lattes.cnpq.br/0104908318773676
Os búfalos são animais domésticos pertencentes ao gênero Bubalus, família Bovidae da ordem Artiodactyla. Fornecem carne, leite e força de trabalho. São bastante adaptados as condições climáticas do estado do Pará, produzindo muito bem nessas condições. No entanto, os produtores ainda carecem de animais testados para características produtivas. Sendo assim utilizamos a técnica de SSCP (Polimorfismo de conformação de fita simples) e marcadores SNP (Polimorfismo de nucleotídeo único), com a finalidade de caracterizar os 83 animais das raças murrah e mediterrâneo. Para o DGAT1 encontramos as frequências alélicas de 0,741 para o alelo A, 0,253 para o alelo B e de 0,01 para o alelo C. As frequências genotípicas foram de 0,54 para o genótipo AA, 0,39 para o genótipo AB, 0,06 para o genótipo BB e de 0,01 para o genótipo AC. Para o gene GH encontrou-se apenas um genótipo. O gene DGAT1, mostrou considerável variação genética e detectou-se a presença de SNPs.
Acesso aberto (Open Access)
Caracterização genética de avestruzes (Struthio camelus) usando marcadores RAPD
(Universidade Federal do Pará, 2007-04-02) FERREIRA, Silvaney Fonseca; MARQUES, José Ribamar Felipe; http://lattes.cnpq.br/0104908318773676
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de populações de avestruzes (Struthio camelus) por meio de marcadores RAPD (Polimorfismos de DNA amplificado ao acaso). Foram coletadas 121 amostras de indivíduos procedentes dos estados do Pará, Maranhão, Tocantins e Minas Gerais. O DNA genômico foi extraído a partir de sangue total. A triagem de iniciadores permitiu a seleção de 15 entre os 60 analisados que foram amplificados pelo método PCR. Os produtos da PCR foram visualizados em gel de agarose 1,5% e foi gerada uma matriz binária para os fragmentos amplificados com presença (1) e ausência (0) de banda. Para a verificação do número ótimo de bandas polimórficas foi realizada a análise de bootstrap por meio do software GQMOL. Para a análise dos dados foi utilizado o programa NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem), versão 2.02. A similaridade entre as amostras foi analisada através do coeficiente de Jaccard. Foi gerada uma matriz de distância cofenética, usando o módulo Sahncof, do programa NTSYS 2.2. Para realização da estruturação gênica o procedimento empregado foi a análise de variância molecular (AMOVA), processada no software Arlequin 2.0 (Schneider et al., 2000). Os 15 iniciadores geraram um total de 109 bandas polimórficas. A análise de bootstrap mostrou que a partir de 100 bandas o trabalho já se torna mais confiável, uma vez que a magnitude da correlação foi bem próxima do valor máximo (r=0,99), como também a soma de quadrados dos desvios (SQd) atingiu valor baixo 1,25 e o valor do estresse (E) foi de 0,05. Na análise entre pares de grupos, foi verificado que a maior e menor similaridade estão em torno, respectivamente, de 0,86 e 0,00. No que diz respeito à distribuição de freqüência das similaridades obtidas entre os 5.644 pares formados na matriz genética, pode-se verificar que 32,69 % dos pares ficaram incluídos nas classes com similaridades variando de 0,01 a 0,10. Nota-se que a maior porcentagem (85,59%) dos pares ficou distribuídos nas três primeiras classes das extremidades e que a minoria deles (14,41%) apresentou similaridades variando de 0,21 a 1,00. O teste de Mantel mostrou correlação de 0,81 e o dendrograma gerou 67 grupos delimitados pela Sm que foi de 0,49. A maior similaridade foi de 0,86 e a menor de 0,06. Os dados relativos à análise de variância molecular mostraram que a porcentagem de variação genética entre procedências foi baixa e significativa (24,03%, p < 0,0001), evidenciando que grande parte da variação encontra-se dentro das populações (75,97 %). Os marcadores RAPD foram eficientes na caracterização da similaridade genética.
Acesso aberto (Open Access)
Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers
(Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, 2013-12) MOURA, Elisa Ferreira; FARIAS NETO, João Tomé de; SAMPAIO, José Edson; SILVA, Diehgo Tuloza da; RAMALHO, Girena Fernandes
Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e HE = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.