Navegando por Assunto "Molecular Docking"

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Acesso aberto (Open Access)
O estudo da docagem e dinâmica molecular de potenciais fármacos: rodatina, scedapina C e cequinadolina A, utilizados no tratamento da SARS-COV-2
(Universidade Federal do Pará, 2022-05-06) LIMA, Antonio Sanderlei dos Santos; ALMEIDA, Ossalin de; http://lattes.cnpq.br/7040173036131516; HTTPS://ORCID.ORG/0000-0003-3895-0952; CHAVES NETO, Antônio Maia de Jesus; http://lattes.cnpq.br/3507474637884699; https://orcid.org/0000-0002-9730-3512
Devido ao estudo de novos fármacos no combate ao vírus do SARS-COV-2, o qual está causando a pandemia do COVID-19, neste trabalho, abordamos o uso de três drogas (Rodatina, Scedapina C e Cequinadolina A) como possíveis inibidores da SARS-CoV-2, pois possuem diversas propriedades interativas, mostrando potencial para serem utilizadas no tratamento da doença COVID-19. O docking molecular forneceu informações sobre a energia de afinidade os quais foram -8,186, -9,617, - 7,866, -7,601, -7,527 kcal/mol, para as melhores conformações com Cequinadolina A. Os acoplamentos moleculares e energia de afinidade mostraram os resíduos do sítio ativo das macroestruturas, e analisamos o mapa de potencial eletrostático para prever alguns candidatos promissores a antagonistas de vírus. Foram utilizadas técnicas de dinâmica molecular, onde os alvo foram as estruturas externas do vírus, mas especificamente a proteína envelope, protease principal, glicoproteína Spike. Utilizando os módulos do GROMACS 2021.2, os resultados mostraram que os ligantes possuem características de interação no decorrer do tempo. A dinâmica molecular forneceu valores entre 1,5 e 4,5Å, para o desvio quadrático médio das posições atômicas. Dentre os resultados obtidos através da dinâmica molecular, notou-se que as ligações de hidrogênio, quando comparadas ao calculo da raiz quadrada do desvio quadrático médio, sofreram mudança na quantidade de ligações de hidrogênio no processo de ligação, de acordo com a proximidade do ligante usado para filtrar poses irreais no encaixe, e também melhorou a precisão do cálculo de energia de ligação. A análise dos acoplamentos moleculares mostraram que os resíduos do sítio ativo S-gly interagiram fortemente com as três drogas. A reutilização desses medicamentos no combate ao SARS-CoV-2 pode ser candidatos via antagonistas do vírus, que se confirmados por meio de abordagens experimentais, podem contribuir para a resolução da crise global da pandemia de COVID-19.
Acesso aberto (Open Access)
Hybrid computational approach with gnina and molecular dynamics in the search for inhibitors against marburg virus
(Universidade Federal do Pará, 2025-10-06) ALMEIDA, Aguinaldo Pantoja de; SALES JÚNIOR, Claudomiro de Souza de; http://lattes.cnpq.br/4742268936279649; ARAÚJO, Jasmine Priscyla Leite de; OLIVEIRA, Ewerton Cristhian Lima de; COSTA, Kauê Santana da; http://lattes.cnpq.br/4001747699670004; http://lattes.cnpq.br/8998575507999079; http://lattes.cnpq.br/1694384473295812; https://orcid.org/0000-0003-3514-0401; https://orcid.org/0000-0002-2338-7178; https://orcid.org/0000-0002-2735-8016
A modelagem molecular tornou-se uma ferramenta crucial no estudo de interações entre fármacos e alvos virais, permitindo a previsão de mecanismos de ligação e potenciais aplicações terapêuticas. Neste contexto, quatro fármacos foram examinados: Ivermectina, Nafamostat, Lopinavir e Remdesivir, com potenciais interações com o vírus Marburg (MARV) e exibindo características interativas eficazes, sugerindo uma forte possibilidade de serem reaproveitados na abordagem terapêutica contra o MARV. A eficácia dessas interações foi avaliada por meio de docking molecular, que calcula as posições dos ligantes ao redor da proteína alvo e as mede pela energia de ligação. Os resultados forneceram energias de ligação pela GNINA que usa Rede Neural Convolucional variando de -8,74 kcal/mol a -10,54 kcal/mol para Ivermectina, -7,37 kcal/mol a -10,46 kcal/mol para Lopinavir, -7,16 kcal/mol a -10,00 kcal/mol para Nafamostat e -6,56 kcal/mol a -9,59 kcal/mol para Remdesivir. Os complexos moleculares identificados nas simulações de docking, juntamente com suas respectivas afinidades de ligação, demonstraram o estabelecimento de interações entre aminoácidos na região catalítica das estruturas macromoleculares e os compostos farmacológicos. Além disso, analisamos a distribuição do potencial eletrostático para identificar áreas promissoras de ataque viral. Abordagens de simulação de dinâmica molecular foram aplicadas, com foco nos componentes estruturais do vírus, mais precisamente a Glicoproteína Transmembrana, as proteínas VP24, VP35, VP40 e a Nucleoproteína. Utilizando os módulos GROMACS 2025, os resultados demonstraram que os ligantes — os fármacos testados Ivermectina, Nafamostat, Lopinavir e Remdesivir — mantiveram características interativas ao longo do tempo. A partir das simulações de dinâmica molecular, dados de desvio quadrático médio (RMSD) de posições atômicas foram obtidos, fornecendo intervalos variando de 0,25 a 2,0 Å para Ivermectina, 0,25 a 2,37 Å para Lopinavir e 0,25 a 7,0 Å para Nafamostat. Valores abaixo de 2–3 Å sugerem boa integridade estrutural e interações estáveis ao longo da simulação. Nos resultados obtidos por meio da dinâmica molecular, as ligações de hidrogêni intermoleculares apresentaram diferenças significativas quando comparadas aos dados de RMSD exibindo variações no número de ligações de hidrogênio durante a simulação. Essas variações foram influenciadas pela aproximação do ligante, que ajuda a eliminar conformações não naturais durante o ajuste. As análises de ligações de hidrogênio demonstraram que os aminoácidos localizados na região ativa de VP40 estabeleceram interações significativas com os três fármacos. A Ivermectina interagiu mais intensamente com VP24 e VP30. O Lopinavir interagiu com GP2, VP24 e VP30. O nafamostato apresentou um alto número de ligações de hidrogênio com todas as proteínas. A reutilização desses medicamentos contra o MARV pode levar a antagonistas virais candidatos, os quais, se confirmados por estudos experimentais, podem contribuir para a redução da mortalidade causada pelo MARV.
Acesso aberto (Open Access)
Interações de Quantum Dot com estruturas externas de vírus Nipah utilizando docking e dinâmica molecular
(Universidade Federal do Pará, 2023-01-30) ALMEIDA, Aguinaldo Pantoja de; OLIVEIRA, Mozaniel Santana de; http://lattes.cnpq.br/0810227136654245; HTTPS://ORCID.ORG/0000-0002-4076-2443; CHAVES NETO, Antônio Maia de Jesus; http://lattes.cnpq.br/3507474637884699; https://orcid.org/0000-0002-9730-3512
Realizando a interação da proteína mais externa do vírus Nipah com quatorze estruturas com possível potencial para a emissão de pontos quânticos, utilizando de ancoragem e dinâmica molecular, utilizando as plataformas de docagem molecular: CB Docking, Swiss DOCK, AutoDock Vina 4.2.6 para realizar um comparativo de resultados explicitando os melhores valores, além de utilizar o Gromacs 2022 fazer cálculos das trajetórias dos ligantes em relação ao tempo. Os complexos demonstram principalmente interações hidrofóbicas no sítio de ligação do receptor. Os resultados de energia de afinidade obedeceram às cargas parciais das pontas as quais apresentaram melhor estabilidade, os resultados de RMSD também respeitaram essa premissa. Assim, o conjunto formado por combinações de proteínas com quantum dot tem potencial para adsorver de forma mais eficiente os componentes proteicos do vírus. Os estudos de docagem e dinâmica molecular e verificação da energia de ligação revelaram a ligação forte e estável entre o para o QD-K e QD-G e QD-F com a macroestrura do vírus NIPAH. Foi estabelecido nos estudos de docagem, que os ligantes têm pontuações de energia de afinidade de -13,658 kcal/mol, -13.6 kcal/mol,-13,9 kcal/mol, para K, G e F respectivamente. O mesmo resultado se replicou no estudo de verificação de energia livre de Gibbs com valores para F de 239,00 kcal/mol, G de 246,65 kcal/mol e K de 259,52 kcal/mol.