Navegando por Assunto "Transcriptomas"

Agora exibindo 1 - 2 de 2

Acesso aberto (Open Access)
Análise do efeito tóxico e alterações transcriptomicas de células neuronais e gliais após exposição ao fluoreto
(Universidade Federal do Pará, 2019-05-23) GOMES, Bruna Puty Silva; OLIVEIRA, Edivaldo Herculano Corrêa de; http://lattes.cnpq.br/0094007714707651; LIMA, Rafael Rodrigues; http://lattes.cnpq.br/3512648574555468
Apesar de ser amplamente utilizado na Odontologia para o controle da cárie dentária, quando ingerido em grandes quantidades o fluoreto pode causar efeitos colaterais, dos quais o mais conhecido é a fluorose dentária. Além disso, estudos também sugerem que mesmo em baixas concentrações o flúor pode originar quadros de toxicidade, levando a prejuízos no SNC. A toxicogenômica funcional, que fornece análises de perfis gênicos após exposição a contaminantes tem sido utilizada como ferramenta para a identificação de biomarcadores da intoxicação, bem como para a identificação de vias de sinalização que possam ser utilizadas para o tratamento e/ou prevenção dos danos ocasionados pela toxicidade de determinados compostos. Sabendo-se que os mecanismos moleculares da toxcidade do flúor no SNC ainda permanecem desconhecidos, a análise da exposição prolongada a fluoretos sobre o perfil gênico de poupulações de células do SNC se faz necessário. Nessa tese nós buscamos avaliar os efeitos da exposição a concentrações comumente encontradas no plasma sanguineo da população que ingere agua fluoretada nas principais células do SNC. Para isso, nós utilizados células humanas da linhagem IMR-32 (neurônio) e U87 (glia) e avaliamos parametros de viabilidade e morfologia celular, metabolismo, produção de ATP, estresse oxidativo, fragmentação do DNA e perfil global de expressão gênica após 10 dias de exposição. Nossos resultados demonstraram que o fluoreto não induz alterações fisologicas nas células IMR-32. Por outro lado, induz morte celular por necrose, aumento do metabolismo, diminuição no ATP e GSH/GSSG e fragementação do DNA nas células U87. O perfil de expressão gênica das células U87 foi diferencialmente alterado após exposição ao fluoreto, com diminuição de 1735 genes e aumento na expressão de 1047 genes após exposição a 0.095μg/mL e a diminuição da expressão de 1863 genes e aumento da expressão de 1023 após exposição a 0.22μg/mL. Nossos dados tambem sugerem uma significativa alteração na via TNF-alfa via NFK-B e em processos mitocondriais. Também evidenciamos genes com significativa importância biologia (genes hub) como os genes PTGES3, EP300, CYP1B1, RPS27A. Dessa forma, nossos dados sugerem que as células da glia são afetadas pela exposição ao flúor, sugerindo que a mitocôndria desempenha um importante papel no mecanismo toxicológico do flúor.
Acesso aberto (Open Access)
A base molecular das adaptações visuais nos genes das opsinas de Anableps anableps e Phreatobius cisternarum através da análise de transcriptoma
(Universidade Federal do Pará, 2019-03-14) MARILUZ, Bertha Ruth Zelada; SCHNEIDER, Patrícia Neiva Coelho; http://lattes.cnpq.br/9584217233879031
Embora os olhos de vertebrados compartilhem a mesma organização geral, muitas espécies desenvolveram especializações que melhoram sua percepção visual do ambiente. Essas especializações são frequentemente refletidas em uma variedade de adaptações visuais que envolvem mudanças na sensibilidade visual, que por sua vez podem ser moduladas pela variação no número de fotorreceptores, pela alteração dos pigmentos visuais ou pela combinação de ambos os mecanismos. No caso das mudanças adaptativas nos pigmentos, estes podem ocorrer devido a diferenças estruturais, no padrão de expressão e no tamanho do repertório dos genes da família das opsinas. No entanto, muito pouco se sabe sobre mudanças adaptativas em pigmentos para ambientes aquáticos com luminosidade diferente. Esta investigação tem por finalidade avaliar a base molecular das adaptações visuais nos genes das opsinas de Anableps anableps e Phreatobius cisternarum, espécies de ambientes de luminosidade diferentes, a primeira de um ambiente de superfície e a segunda de um habitat subterrâneo, através da análise de transcriptoma. Esta investigação compreende dois capítulos. O primeiro capítulo aborda o estudo da espécie Anableps anableps. Combinamos as análises de RNA-Seq e hibridização in situ do tecido do olho desta espécie para entender as adaptações visuais ao ambiente aéreo-aquático. O RNA-Seq do olho exibiu um repertório de 20 genes de opsinas não visuais, o que reflete a heterogeneidade ambiental na qual a espécie vive. Assim mesmo, as análises comparativas nas sequências codificantes da proteína das opsinas permitiram a identificação de seis opsinas apresentando os típicos motivos de aminoácidos do tipo C e nove do Grupo 4, conservadas entre si. Estudos por hibridização in situ na retina mostraram expressão assimétrica destas opsinas não visuais nos diferentes estágios, assim como durante o desenvolvimento ocular da espécie. O segundo capítulo apresenta o estudo da espécie Phreatobius cisternarum. Combinamos análises histológicas, moleculares e de RNA-Seq para entender as adaptações visuais e sensoriais ao ambiente de lençol freático de P. cisternarum. O RNA-Seq da cabeça de P. cisternarum revelou repertório de onze genes de opsinas, 3 opsinas visuais e 8 opsinas não visuais. Duas opsinas visuais, rh1e lws, apresentaram substituições de aminoácidos que potencialmente contribuíram para o deslocamento vermelho e azul, respectivamente. Nossa análise histológica mostrou a presença de retina rudimentar e a análise de RNA-Seq identificou a expressão de 38 genes de cristalino e 51 genes relacionados ao epitélio pigmentado da retina (RPE), indicando que os olhos reduzidos de P. cisternarum retiveram algumas estruturas do cristalino. A expressão extraretiniana de opn4m3 está possivelmente associada à regulação do relógio periférico. Além disso, a presença de potenciais pseudogenes de opsinas seria regulada por uma pequena retina exposta a um ambiente de baixa luminosidade. Os capítulos introduzem e fornecem uma visão geral da investigação de substituições de aminoácidos de opsinas, alterações nos padrões de expressão e no tamanho do repertório de opsinas (duplicação e pseudogeneização), e como eles poderiam contribuir na mudança da sensibilidade espectral e finalmente na adaptação visual das espécies A. anableps e P. cisternarum a seu ambiente peculiar. O presente estudo fornece a primeira evidência para o entendimento da base molecular adaptativa nos genes das opsinas a ambientes subterrâneos e aéreo-aquático, nas espécies P. cisternarum e A. anableps.