O PPGCS foi aprovado pela CAPES no ano de 2002 e iniciou suas atividades no 1º Semestre de 2003, com o funcionamento da primeira turma de Doutorado. O Programa resulta das experiências anteriores nos Mestrados em Antropologia - em funcionamento desde 1994 - e Sociologia - implantado no ano de 1999. Esses dois mestrados se uniram para formar um só Programa, que constitui o PPGCS.