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dc.creatorVERAS, Adonney Allan de Oliveira-
dc.date.accessioned2017-07-21T12:42:23Z-
dc.date.available2017-07-21T12:42:23Z-
dc.date.issued2014-01-24-
dc.identifier.citationVERAS, Adonney Allan de Oliveira. AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. 45 f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Belém, 2014. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia.pt_BR
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/8888-
dc.description.abstractTechnologies for second-generation sequencing provided a major breakthrough of the genome, making its use a landmark that has revolutionized biology. These platforms are characterized by a reduction in sequencing time, high data production and low cost per base sequenced, however, these devices produce data mostly consist of short readings which represents a major challenge for reconstruction of the genome due to this new feature readings of computational tools had to be developed to accomplish the task of assembling their example we Velvet, AllPaths, Abyss, SOAPdenovo2, Edena. However, most of these applications are executed through command lines extended and composed of several parameters must follow the standard syntax to use, because in case of errors in the syntax is the possibility of not obtaining the best result, with the aim of solve this problem we present the AutoAssemblyD that besides providing the use of these assemblers through a graphical interface also enables the management of these executions remotely.pt_BR
dc.description.sponsorshipCAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superiorpt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal do Parápt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.subjectBiotecnologiapt_BR
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectGenomapt_BR
dc.subjectAutoAssembblyD - Softwarept_BR
dc.titleAutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XMLpt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentInstituto de Ciências Biológicaspt_BR
dc.publisher.initialsUFPApt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAOpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICApt_BR
dc.contributor.advisor1SILVA, Artur Luiz da Costa da-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/7642043789034070pt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2201652617167877pt_BR
dc.description.resumoAs tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota.pt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologiapt_BR
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