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metadata.dc.type: Dissertação
Issue Date: 2015
metadata.dc.creator: NOBRE, Akim Felipe Santos
metadata.dc.contributor.advisor1: SOUSA, Rita Catarina Medeiros
metadata.dc.contributor.advisor-co1: SOUSA, Maísa Silva de
Title: Diversidade genética dos vírus linfotrópicos de Células T do tipo 1 na Região Metropolitana de Belém
Citation: NOBRE, Akim Felipe Santos. Diversidade genética dos vírus linfotrópicos de células T do tipo 1 na Região Metropolitana de Belém. 2015. 57 f. Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Pará, Núcleo de Medicina Tropical, Belém, 2015. Programa de Pós-Graduação em Doenças Tropicais.
metadata.dc.description.resumo: O Vírus Linfotrópico de células T Humano do tipo 1 (HTLV-1) é um Deltaretrovírus que foi isolado pela primeira vez a partir de uma amostra de sangue de um paciente afro-americano com linfoma cutâneo de células T, em meados de 1970; o linfoma foi posteriormente classificado como leucemia/linfoma de células T do adulto (LLcTA) doença severa que acomete os linfócitos T. Posteriormente, o vírus também foi associado à paraparesia espática tropical/mielopatia associada ao HTLV, (PET/MAH), de caráter crônico e progressivo que causa danos principalmente ao nível da medula espinhal torácica. Sua diversidade genética varia de acordo com a região estudada, e sua taxa de mutação é muito baixa (cerca de 1% a cada mil anos) se comparada a de outros vírus. O objetivo deste trabalho foi verificar a diversidade genética do HTLV-1 na região metropolitana de Belém, bem como a freqüência dos seus genótipos e a comparação das amostras obtidas com as sequências disponíveis em bancos de dados como o GenBank. Foram utilizadas amostras de sangue coletadas de pacientes atendidos pelo NMT/UFPA entre o período de janeiro de 2010 à dezembro de 2013. Em seguida, tais amostras foram submetidas à extração do DNA e à amplificação da região PX do HTLV, utilizando-se oligonucleotídeos inciciadores específicos, a partir da técnica de PCR em duas etapas: interna e externa (Nested-PCR). As amostras positivas, posteriormente, foram submetidas à digestão enzimática da enzima TaqI, para que pudéssemos identificar e diferenciar os HTLV 1 e 2. Em seguida, foi realizada a amplificação da região 5’LTR também por Nested-PCR das amostras positivas, que, posteriormente, foram submetidas ao seqüenciamento genético. Utilizando o método de máxima verossimilhança, foi construída uma árvore filogenética para a visualização do agrupamento em clados das sequências em questão. Uma análise bayesiana (relógio molecular) para a visualização do perfil evolutivo das amostras também foi realizada. Os testes identificaram 78 amostras positivas para HTLV-1, destas, 44 foram sequenciadas. O genótipo aA foi frequente em 100% das amostras; os diferentes subtipos obtiveram a seguinte taxa de diversidade e mutações por sítio por ano: a- 2.10 -3; b- 2,69 . 10 -2; c- 6,23 . 10 -2; d- 3,08 . 10 -2; e- 6 . 10 -2; f- 1,78 . 10 -3; g- 2,2 . 10 -2 mutações por sítio por ano. Foi revelada então uma baixa diversidade genotípica e uma alta estabilidade genética entre as amostras positivas para HTLV-1 na região.
Abstract: The human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a DELTARETROVIRUS which was first isolated from a blood sample of a patient with african american cutaneous T-cell lymphoma, in the mid 1970s; Hodgkin was later classified as leukemia / lymphoma adult T-cell (LLcTA) severe disease that affects T lymphocytes Subsequently, the virus was also associated with tropical spastic paraparesis / HTLV-associated myelopathy (HAM / TSP), character chronic and progressive causing damage mainly at the thoracic spinal cord. Their genetic diversity varies according to the region studied, and its mutation rate is very low (about 1% per thousand years) compared to other viruses. The objective of this study was to assess the genetic diversity of HTLV-1 in the metropolitan area of Belém, as well as the frequency of genotypes and the comparison of samples obtained with the sequences available in databases such as GenBank. We used blood samples collected from patients enrolled in the NMT / UFPA between the period January 2010 to December 2013. Then these samples were subjected to DNA extraction and amplification of HTLV PX region, using oligonucleotides inciciadores specific, from the PCR in two steps: internal and external (nested PCR). Positive samples then were subjected to enzymatic digestion of TaqI enzyme so that we could identify and differentiate the HTLV 1 and 2. Next, we performed amplification of the 5 'LTR region also by nested PCR positive samples, which, then were subjected to genetic sequencing. Using the method of maximum likelihood, we constructed a phylogenetic tree for the group display in clades of sequences in question. A Bayesian analysis (molecular clock) to visualize the evolutionary profile of the samples was also performed. The tests identified 78 samples positive for HTLV-1, of these, 44 were sequenced. The aa genotype was common in 100% of samples; the different subtypes had the following range rate and mutations per site per year: a- 2.10 -3; b- 2,69 . 10 -2; c- 6,23 . 10 -2; d- 3,08 . 10 -2; e- 6 . 10 -2; f- 1,78 . 10 -3; g- 2,2 . 10 -2 changes per site per year. It was then revealed a low genotypic diversity and a high genetic stability of the samples positive for HTLV-1 in the region.
Keywords: Doença infectocontagiosa
Epidemiologia
Filogenia
HTLV (Vírus)
Belém - PA
Pará - Estado
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::SAUDE COLETIVA::EPIDEMIOLOGIA
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS:: BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Publisher: Universidade Federal do Pará
metadata.dc.publisher.initials: UFPA
metadata.dc.publisher.department: Núcleo de Medicina Tropical
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-Graduação em Doenças Tropicais
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
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