Navegando por Autor "VERAS, Adonney Allan de Oliveira"
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Dissertação Acesso aberto (Open Access) AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML(Universidade Federal do Pará, 2014-01-24) VERAS, Adonney Allan de Oliveira; SILVA, Artur Luiz da Costa da; http://lattes.cnpq.br/7642043789034070As tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota.Artigo de Periódico Acesso aberto (Open Access) Draft genome sequences of two species of “difficult-to-identify” human-pathogenic corynebacteria: implications for better identification tests.(Ivyspring International Publisher, 2015) PACHECO, Luis Gustavo Carvalho; GUARALDI, Ana Luiza de Mattos; SANTOS, Carolina Silva; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; GUIMARÃES, Luís Carlos; ABREU, Vinicius Augusto Carvalho de; PEREIRA, Felipe Luiz; SOARES, Siomar de Castro; DORELLA, Fernanda Alves; CARVALHO, Alex Fiorini de; LEAL, Carlos Augusto Gomes; FIGUEIREDO, Henrique Cesar Pereira; RAMOS, Juliana Nunes; VIEIRA, Verônica Viana; FARFOUR, Eric; GUISO, Nicole; HIRATA JÚNIOR, Raphael; AZEVEDO, Vasco Ariston de Carvalho; SILVA, Artur Luiz da Costa da; RAMOS, Rommel Thiago Juca