AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML

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2014-01-24

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Universidade Federal do Pará

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VERAS, Adonney Allan de Oliveira. AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. 45 f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Belém, 2014. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia.

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As tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota.

Agência de Fomento

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

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VERAS, Adonney Allan de Oliveira. AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. 45 f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Belém, 2014. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia.