Dissertações em Biotecnologia (Mestrado) - PPGBIOTEC/ICB

URI Permanente para esta coleçãohttps://repositorio.ufpa.br/handle/2011/6090

O Mestrado em Biotecnologia teve início em 2011 e funciona no Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia (PPGBIOTEC) do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal do Pará (UFPA).

Navegar

Agora exibindo 1 - 10 de 30

Acesso aberto (Open Access)
Análise e caracterização do genoma mitocondrial: um estudo de caso de Cyprinodon sp. e Arapaima gigas
(Universidade Federal do Pará, 2025-05) MACEDO, Daralyns Borges; RAMOS, Rommel Thiago Juca; http://lattes.cnpq.br/1274395392752454; https://orcid.org/0000-0002-8032-1474
O avanço das tecnologias de sequenciamento de nova geração tem viabilizado a caracterização em larga escala de genomas mitocondriais em diversas espécies. No entanto, mesmo entre os peixes — grupo com o maior número de genomas mitocondriais sequenciados — apenas 9,7% das espécies válidas estão representadas em bancos de dados. Essa lacuna limita programas de conservação, que dependem de dados genéticos para orientar ações de manejo. O gênero Cyprinodon, composto por várias espécies ameaçadas e restritas a habitats isolados, é especialmente vulnerável à perda de habitat e à hibridização. Diante disso, este estudo teve como objetivo sequenciar e caracterizar o genoma mitocondrial de Cyprinodon sp., visando esclarecer relações filogenéticas e aspectos evolutivos da família Cyprinodontidae. A amostra foi sequenciada na plataforma Illumina HiSeq, montada com o software Megahit e analisada com ferramentas como MitoZ, Circos, ClustalW, MrBayes e Figtree. O mitogenoma completo apresenta 16.500 pb, contendo 37 genes. Paralelamente, Arapaima gigas, espécie símbolo da Amazônia e historicamente relevante para a pesca, encontra-se ameaçada de extinção e classificada como "Deficiente em Dados" pela IUCN. No rio Tocantins, fortemente impactado por atividades humanas, pescadores de 25 comunidades relataram a quase extinção da espécie, com apenas um registro recente na Ilha Jaracuera. O desaparecimento de A. gigas traz graves consequências econômicas às comunidades locais. Sem a colaboração entre gestores e comunidades, há risco iminente de extinção regional da espécie, agravado pela escassez de dados sobre sua pesca no norte do Brasil.
Acesso aberto (Open Access)
Purificação, caracterização e avaliação de peptídeo antimicrobiano produzido pela cianobactéria amazônica Lyngbya sp. CACIAM 07
(Universidade Federal do Pará, 2024-06) PINTO NETO, Joaquim da Silva; SANTOS, Agenor Valadares; http://lattes.cnpq.br/9530734927662735; https://orcid.org/0000-0002-2690-2841
As cianobactérias são microrganismos fotossintetizantes, que juntamente com as micro e macroalgas, são responsáveis pela maior parte do oxigênio liberado na atmosfera. Um mecanismo de defesa das cianobactérias é a produção de compostos que exercem atividades antimicrobianas, alelopáticas, antiparasitárias, que protegem o organismo contra ataques de outras espécies de cianobactérias, predadores e microrganismos em geral. O gênero Lyngbya é um dos mais estudados pela sua promissora produção de moléculas de interesse biotecnológico; peptídeos, proteínas, metabólitos secundários que podem ser utilizados em diversas áreas para reverter problemas que afligem a sociedade e o meio ambiente, como pragas em plantações, contaminação em alimentos até a falta de novos antimicrobianos comerciais. O objetivo deste trabalho foi obter, avaliar e caracterizar o peptídeo com atividade antimicrobiana produzido pela cianobactéria amazônica Lyngbya sp. CACIAM 07. O extrato foi obtido a partir da biomassa seca da cianobactéria, sua atividade antimicrobiana, por difusão em poços, foi avaliada contra bactérias gram-positivas (Bacillus subtilis ATCC 6633, Listeria monocytogenes ATCC 6477 e Corynebacterium fimi NTC 5) e gram-negativa (Salmonella typhimurium ATCC 14021). A maior atividade frente às bactérias reveladoras foi do extrato aquoso que inibiu o crescimento de três das quatro bactérias utilizadas neste trabalho, Bacillus subtilis ATCC 6633, Salmonella typhimurium ATCC 14021 e Listeria monocytogenes ATCC 6477, e também inibiu o crescimento da cianobactéria Cyanobium sp. CACIAM 14. O extrato aquoso bruto foi fracionado através da cromatografia de exclusão molecular e depois por cromatografia líquida de fase reversa, e as frações recolhidas foram testadas para atividade antimicrobiana e alelopática. A fração C7B1 apresentou melhor atividade frente a Bacillus subtilis ATCC 6633 e Salmonella typhimurium ATCC 14021, e mostrou atividade alelopática frente a cianobactéria Synechococcus sp. CACIAM 66. A partir dos cromatogramas foi possível aferir a faixa de massa molecular, ~12 kDa, o que condiz com a faixa para peptídeo antimicrobiano. Desta forma, neste trabalho foi possível isolar, analisar e caracterizar parcialmente a atividade de provável AMP obtido da Lyngbya sp. CACIAM 07, uma cianobactéria isolada da região amazônica, ressaltamos que nenhuma molécula com atividade antimicrobiana e alelopática, desta cepa, possui descrição na literatura até o momento.
Acesso aberto (Open Access)
Análise da expressão gênica de pacientes com adenocarcinoma gástrico associado ao vírus Epstein-Barr
(Universidade Federal do Pará, 2024-08) SILVA, Valéria Cristiane Santos da; MOREIRA, Fabiano Cordeiro; http://lattes.cnpq.br/5745396559731337
A infecção pelo vírus Epstein-Barr (EBV) é um dos fatores de risco para o câncer gástrico (CG). O Epstein-Barr é um vírus que possui atividade oncogênica e foi o primeiro a ser associado a doenças malignas como linfomas e carcinomas. Normalmente, a detecção de EBV pode ser feita por hibridização in situ e atualmente por meio de utilização de técnicas de sequenciamento de RNA para identificar a presença de genes virais em amostras. Nesse sentido, buscando compreender melhor sobre o subtipo positivo para EBV, este trabalho propôs uma caracterização molecular por meio de sequenciamento de RNA a partir de 76 amostras tumorais de pacientes diagnosticados com CG. Para isso, foi realizado o sequenciamento de RNA total das amostras e para a caracterização molecular foi utilizado o software Kraken2. Das 76 amostras, 8 foram consideradas positivas segundo o método adotado. Em seguida, para compreender os diferentes mecanismos pelo qual o EBV pode estar atuando no CG, foram analisados os padrões de expressão gênica humana das amostras classificadas como positivas e negativas. Em nosso estudo, há cerca de 834 genes diferencialmente expressos, dos quais 92 apresentaram AUC > 0.85. Esses genes estão associados a progressão tumoral, metabolismo celular e imunidade inata e adaptativa. Além disso, foram avaliados os genes virais expressos nas amostras consideradas positivas, e encontramos manifestação tanto genes da fase lítica quanto da fase latente. Por fim, nosso estudo apresenta uma estratégia eficiente para a classificação molecular do CG subtipo EBV positivo baseada em NGS e mostra os efeitos do EBV na expressão gênica humana.
Acesso aberto (Open Access)
Análise proteômica de cultura macrófagica tratada com ácido kójico
(Universidade Federal do Pará, 2023-07) ALMEIDA, Heyder Coutinho; SANTOS, Agenor Valadares; http://lattes.cnpq.br/9530734927662735; https://orcid.org/0000-0002-2690-2841
O ácido kójico (AK) é um metabólito secundário fúngico natural, produzido por algumas espécies de Aspergillus, Penicillium e Acetobacter, através da biotransformação direta de substratos de carbono como glicose, sucralose, etanol entre outros. O AK foi isolado originalmente no Japão, em 1907, a partir de micélios de Aspergillus oryzae, é utilizado na indústria cosmética na forma de géis e sabonete é utilizado para obter o efeito de clareamento da pele inibindo a enzima tirosinase, reduzindo a produção de formação de melanina, também bloqueia a formação de pigmentação e uniformiza o tom da pele. Também é aplicado como um aditivo alimentar para a prevenção de escurecimento enzimático, pois é um quelante de metais e um potente antioxidante. Embora o AK tenha inúmeras funções biológicas, apenas recentemente estudos sobre a proliferação in vitro e citotoxicidade foram relatadas, mas ainda de forma limitada quanto ao seu efeito nas células imunes. Os macrófagos estão entre as células de defesa mais importantes que especificamente reconhecem e respondem a corpos estranhos, apoptose células e patógenos. Através de processo de ativação, há uma maior proliferação de macrófagos, que sofrem várias alterações morfológicas, como um aumento nas habilidades de disseminação e adesão, atividade de fagocitose, geração de ROS, apresentação de antígeno e produção de citocinas. De acordo com a classificação das funções biológicas, nossos resultados revelaram que em ambas as concentrações de ácido Kójico, as 14 proteínas expressas possuem função predita relacionada a processos do ciclo celular e oxirredução.
Acesso aberto (Open Access)
Bioprospecção de leveduras com potencial para a produção de carotenoides presentes em uma microrregião do bioma Amazônia
(Universidade Federal do Pará, 2024-11) LUCAS, David Cristian Rodrigues; CHISTÉ, Renan Campos; http://lattes.cnpq.br/0583058299891937; https://orcid.org/0000-0002-4549-3297
Os carotenoides são compostos bioativos usados como pigmentos naturais e podem ser encontrados em plantas, animais, algas e microrganismos. Alguns desses compostos, como o -caroteno, são precursores da vitamina A, e possuem benefícios à saúde humana como: o fortalecimento do sistema imunológico e a redução do risco de doenças crônicas degenerativas. Na indústria, a produção de carotenoides é obtida majoritariamente por síntese química ou por meio de extrato de algas e plantas, no entanto, com a crescente preocupação com o uso de aditivos químicos nos alimentos por parte de muitos consumidores, se faz pertinente o interesse em produzir carotenoides por processos biotecnológicos, e diversos microrganismos podem sintetizá-los, como por exemplo as leveduras. Neste trabalho, foi realizado um estudo de caráter exploratório focado na identificação molecular de leveduras produtoras de carotenoides, disponíveis em uma microrregião do bioma Amazônia, com foco em evidenciar micro-organismos promissores para futuras aplicações industriais. Foram coletadas amostras de folhas, flores, solo e cascas de árvores, e dentre elas, 4 cepas promissoras foram isoladas e identificadas da filosfera de filodendro (Philodendron hederaceum): Rhodosporidiobolus ruineniae (PH-18(I)), Rhynchogastrema noutii ou Hannaella pagnoccae (dPH-8(I)), Leucosporidium egoroviorum ou Lyomyces sp. (dPH-8(II)), e Rhodotorula diobovata ou Rhodotorula glutinis (PH-22(II)); a cepa PH-18(I) apresentou rendimento de biomassa de 0,26 a 0,76% e teor de carotenoides totais de 139,70 μg/g biomassa seca; a cepa dPH-8(I) apresentou rendimento de biomassa de 0,43 a 0,96% e teor de carotenoides totais de 54,26 μg/g; a cepa dPH-8(II) exibiu rendimento de biomassa de 0,35 a 1,12% e teor de carotenoides totais de 52,71 μg/g; enquanto a cepa PH-20(II) apresentou rendimento de biomassa de 11,63% e 23,67% e teor de carotenoides totais de 44,98 μg/g. Os carotenoides identificados nesse estudo foram 13Z-β-caroteno, (all-E)-β-caroteno e 9Z-β-caroteno, sendo o (all-E)-β-caroteno o majoritário. Os resultados encontrados neste estudo destacam uma perspectiva muito promissora para futuras prospecções de leveduras produtoras de carotenoides no bioma Amazônia, sendo uma excelente alternativa para substituir o processo de obtenção dos carotenoides por via sintética ou por exploração de fontes vegetais.
Acesso aberto (Open Access)
Prospeção de aminoácidos tipo micosporinas (MAAs) em cianobactérias da Amazônia oriental
(Universidade Federal do Pará, 2014-06-30) ARAÚJO, Sanclayver Corrêa; GONÇALVES, Evonnildo Costa; http://lattes.cnpq.br/8652560763793265
Aminoácidos tipo micosporinas (MAAs) são compostos de baixa massa molecular solúveis em água, cuja biossíntese, pensava-se ocorrer pela via do ácido chiquímico em bactérias, fitoplâncton e macroalgas. Recentemente, evidências mostram sua biossíntese pela via das pentoses em uma cianobactéria. Devido seu alto coeficiente de extinção molar na região do UV, proporcionam proteção contra os efeitos deletérios da radiação ultravioleta tendo potencial para a utilização em protetores solares. Em trabalhos anteriores foi descrito um cluster biossintético para chinorina que consistia nas enzimas Dehidroquinato sintase, presente na via do chiquimato, O-metiltransferase, uma enzima assimiladora de ATP e um homólogo de NRPS. Foi verificado ainda que a enzima 2-epi-5-epi-valiolona sintase, enzima que interligaria a via das pentoses, poderia formar o intermediário cíclico 4-desoxigadusol, precursor dos MAAs. Neste trabalho foi feita uma abordagem genômica para a busca destes genes, de modo a investigar o potencial de produção de MAAs nas cianobactérias da Coleção Amazônia de Cianobactérias e Microalgas, CACIAM 14, CACIAM 53, CACIAM 54 e CACIAM 57, bem como uma análise por cromatografia líquida capilar acoplada a espectrometria de massas com fonte de ionização de Electrospray dos metabólitos em CACIAM 14. Os genes da Dehidroquinato sintase e da O-metiltransferase foram encontrados em todas as linhagens estudadas. Os genes da via das pentoses Ribulose-fosfato-3-epimerase e Transcetolase foram detectados nas linhagens CACIAM 14, CACIAM 53 e CACIAM 57, o que sugere que nestas linhagens os MAAs podem ser produzidos por ambas as vias enquanto que na linhagem CACIAM 54 que os MAAs podem ser produzidos apenas pela via do chiquimato. Na linhagem CACIAM 14, foram detectados os fragmentos de relação massa/carga 186 e 197 no mesmo tempo de retenção de um íon precursor de m/z 333, valor esse sugestivo da presença de chinorina. Dessa forma, as linhagens CACIAM 53, 54 e 57 são potencialmente produtoras de MAAs por possuírem os genes biossintéticos, e a linhagem CACIAM 14 é produtora de chinorina.
Acesso aberto (Open Access)
Caracterização antigênica, físico-química e biológica do vírus BE AR 701405, obtido a partir de mosquitos da espécie Psorophora (Jan) ferox, capturados em Altamira – Pará
(Universidade Federal do Pará, 2014-03-26) ARAÚJO, João Batista dos Santos; LEAL, Élcio de Souza; http://lattes.cnpq.br/1158983666415285
O vírus BE AR 701405 foi obtido de um lote de mosquitos da espécie Psorophora (Jan.) ferox, capturados em Altamira, estado do Pará, no ano de 2006. O objetivo deste estudo foi caracterizar físico-química, biológica e antigenicamente o vírus BE AR 701405, com o objetivo de obter dados que auxiliassem sua classificação taxonômica. Camundongos recém-nascidos manifestaram alterações neurológicas, como tremores e ausência de coordenação motora, após a infecção pelo vírus BE AR 701405. O vírus praticamente não determinou efeito citopático (ECP) nas células de Aedes albopictus, clone C6/36, entretanto, causou ECP em células Vero com aproximadamente 48 horas pós- infecção. O título do vírus obtido foi de 10-4,1 DL50/ 0,02 mL e o título após a ação do DCA foi de 10−2,6 DL50/0,02 mL. O vírus BE AR 701405 reagiu antigenicamente com o soro hiperimune do Virus Pixuna. Portanto, o vírus BE AR 701405 é sensível ao DCA o que indica que é um vírus envelopado. Ele é um membro do grupo antigênico A, do gênero Alphavirus, família Togaviridae, relacionado ao Virus Pixuna. Camundongos recém-nascidos e células Vero e C6/36 são suscetíveis à infecção pelo vírus BE AR 701405. Estudos posteriores são necessários para esclarecer o relacionamento antigênico do vírus BE AR 701405 com o Virus Pixuna.
Acesso aberto (Open Access)
AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML
(Universidade Federal do Pará, 2014-01-24) VERAS, Adonney Allan de Oliveira; SILVA, Artur Luiz da Costa da; http://lattes.cnpq.br/7642043789034070
As tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota.
Acesso aberto (Open Access)
Cianotoxinas em ostras e em águas de cultivo da costa norte do Brasil
(Universidade Federal do Pará, 2016-08-31) CABRAL, Jardecicléia Patrícia da Silva; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz; http://lattes.cnpq.br/3901112943859155
Cianobactérias são organismos procarióticos fotossintetizantes e em condições favoráveis ao seu crescimento podem formar florações. Também são capazes de produzir cianotoxinas, metabólitos secundários que possuem efeito tóxico para organismos eucarióticos inclusive o homem. Como parte do fitoplâncton as cianobactérias participam das cadeias alimentares, sendo assim a ingestão de moluscos que tenham se alimentado continuamente de cianobactérias tóxicas e acumulado as toxinas em seus tecidos gera a possibilidade de transferência para o homem através de seu consumo trazendo sérios riscos à sua saúde. Ainda são escassos estudos sobre a contaminação (por cianotoxinas) de moluscos destinados ao consumo humano. Logo, este estudo consistiu em verificar a ocorrência de cianotoxinas em águas de cultivo e no tecido de ostras destinadas ao consumo humano. As coletas de água e de ostras foram realizadas em cultivos de dois municípios localizados no nordeste do Pará. A pesquisa por cianotoxinas foi realizada através de Cromatografia Líquida de Alta Eficiência, HPLC. As cianobactérias presentes na água, as isoladas e as cultivadas a partir das conchas das ostras foram identificadas. Não foram detectadas microcistinas e saxitoxinas nas amostras de água e nos extratos de ostras de ambos locais de cultivo. Contudo, foram identificados três gêneros de cianobactérias – Aphanizomenon, Oscillatoria e Phormidium, em Curuçá e três gêneros de cianobactérias em São Caetano de Odivelas – Aphanothece, Oscillatoria e Phormidium, todos conhecidos por conter espécies tóxicas. Foi detectada a presença de saxitoxinas em extratos de culturas de cianobactérias a partir das conchas das ostras de ambos os locais de cultivo, indicando a presença de espécies tóxicas apesar da ausência de floração. Neste estudo, verificou-se que os locais de cultivo de ostras encontram-se adequadas para o consumo, livres de contaminação por microcistinas e saxitoxinas, no entanto, se faz necessária a implantação de uma legislação específica e o monitoramento desses cultivos a fim de assegurar a saúde dos consumidores.
Acesso aberto (Open Access)
Produção e avaliação da atividade antioxidante de metabólitos secundários de Piper divaricatum G. Meyer sob diferentes condições de cultivo
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-06) CORPES, Rosana Silva; SILVA, Joyce Kelly do Rosário da; http://lattes.cnpq.br/2278686174214080
Muitas espécies do gênero Piper apresentam ampla distribuição na Amazônia e diversas aplicações biológicas devido a grande diversidade estrutural de seus metabólitos secundários. A espécie Piper divaricatum, é endêmica da Amazônia e produz em seu óleo essencial elevadas concentrações de metileugenol (50 – 90%), um fenilpropanóide com propriedade antioxidante e fungicida. Devido às suas potenciais aplicações, o objetivo deste estudo foi o estabelecimento do cultivo in vitro e a comparação da biossintese dos metabólitos secundários e propriedades antioxidantes com o cultivo in vivo. Para o estabelecimento do cultivo in vitro foram utilizados ápices caulinares cultivados em meio Murashige e Skoog , acrescido do regulador de crescimento BAP 0,5 mg.mL-1. Para o cultivo in vivo, foram propagadas microestacas em casa de vegetação no substrato vermiculita e adição de solução nutritiva de Murashige e Skoog. Os compostos voláteis identificados nas folhas das plântulas cultivadas in vivo foram metileugenol, β-elemeno e E-β-ocimeno, os quais não diferiram do cultivo in vivo, com exceção dos 90 dias. O cultivo in vitro das raízes não se mostrou eficiente para produção de fenilpropanóides e apresentou um perfil bastante diferenciado em relação ao cultivo in vivo de terpenos. De uma maneira geral, para as plantas cultivadas in vitro não houve diferença estatística significativa no teor de compostos fenólicos e na atividade antioxidante das folhas. No entanto, a atividade antioxidante das raízes foi bastante expressiva. Os resultados obtidos reforçam a hipótese de que plantas regeneradas in vitro podem sintetizar metabólitos semelhantes a planta-mãe e manter suas propriedades biológicas.

Navegar

Submissões Recentes