Dissertações em Biotecnologia (Mestrado) - PPGBIOTEC/ICB

URI Permanente para esta coleçãohttps://repositorio.ufpa.br/handle/2011/6090

O Mestrado em Biotecnologia teve início em 2011 e funciona no Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia (PPGBIOTEC) do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal do Pará (UFPA).

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Acesso aberto (Open Access)
AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML
(Universidade Federal do Pará, 2014-01-24) VERAS, Adonney Allan de Oliveira; SILVA, Artur Luiz da Costa da; http://lattes.cnpq.br/7642043789034070
As tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota.
Acesso aberto (Open Access)
Caracterização antigênica, físico-química e biológica do vírus BE AR 701405, obtido a partir de mosquitos da espécie Psorophora (Jan) ferox, capturados em Altamira – Pará
(Universidade Federal do Pará, 2014-03-26) ARAÚJO, João Batista dos Santos; LEAL, Élcio de Souza; http://lattes.cnpq.br/1158983666415285
O vírus BE AR 701405 foi obtido de um lote de mosquitos da espécie Psorophora (Jan.) ferox, capturados em Altamira, estado do Pará, no ano de 2006. O objetivo deste estudo foi caracterizar físico-química, biológica e antigenicamente o vírus BE AR 701405, com o objetivo de obter dados que auxiliassem sua classificação taxonômica. Camundongos recém-nascidos manifestaram alterações neurológicas, como tremores e ausência de coordenação motora, após a infecção pelo vírus BE AR 701405. O vírus praticamente não determinou efeito citopático (ECP) nas células de Aedes albopictus, clone C6/36, entretanto, causou ECP em células Vero com aproximadamente 48 horas pós- infecção. O título do vírus obtido foi de 10-4,1 DL50/ 0,02 mL e o título após a ação do DCA foi de 10−2,6 DL50/0,02 mL. O vírus BE AR 701405 reagiu antigenicamente com o soro hiperimune do Virus Pixuna. Portanto, o vírus BE AR 701405 é sensível ao DCA o que indica que é um vírus envelopado. Ele é um membro do grupo antigênico A, do gênero Alphavirus, família Togaviridae, relacionado ao Virus Pixuna. Camundongos recém-nascidos e células Vero e C6/36 são suscetíveis à infecção pelo vírus BE AR 701405. Estudos posteriores são necessários para esclarecer o relacionamento antigênico do vírus BE AR 701405 com o Virus Pixuna.
Acesso aberto (Open Access)
Prospeção de aminoácidos tipo micosporinas (MAAs) em cianobactérias da Amazônia oriental
(Universidade Federal do Pará, 2014-06-30) ARAÚJO, Sanclayver Corrêa; GONÇALVES, Evonnildo Costa; http://lattes.cnpq.br/8652560763793265
Aminoácidos tipo micosporinas (MAAs) são compostos de baixa massa molecular solúveis em água, cuja biossíntese, pensava-se ocorrer pela via do ácido chiquímico em bactérias, fitoplâncton e macroalgas. Recentemente, evidências mostram sua biossíntese pela via das pentoses em uma cianobactéria. Devido seu alto coeficiente de extinção molar na região do UV, proporcionam proteção contra os efeitos deletérios da radiação ultravioleta tendo potencial para a utilização em protetores solares. Em trabalhos anteriores foi descrito um cluster biossintético para chinorina que consistia nas enzimas Dehidroquinato sintase, presente na via do chiquimato, O-metiltransferase, uma enzima assimiladora de ATP e um homólogo de NRPS. Foi verificado ainda que a enzima 2-epi-5-epi-valiolona sintase, enzima que interligaria a via das pentoses, poderia formar o intermediário cíclico 4-desoxigadusol, precursor dos MAAs. Neste trabalho foi feita uma abordagem genômica para a busca destes genes, de modo a investigar o potencial de produção de MAAs nas cianobactérias da Coleção Amazônia de Cianobactérias e Microalgas, CACIAM 14, CACIAM 53, CACIAM 54 e CACIAM 57, bem como uma análise por cromatografia líquida capilar acoplada a espectrometria de massas com fonte de ionização de Electrospray dos metabólitos em CACIAM 14. Os genes da Dehidroquinato sintase e da O-metiltransferase foram encontrados em todas as linhagens estudadas. Os genes da via das pentoses Ribulose-fosfato-3-epimerase e Transcetolase foram detectados nas linhagens CACIAM 14, CACIAM 53 e CACIAM 57, o que sugere que nestas linhagens os MAAs podem ser produzidos por ambas as vias enquanto que na linhagem CACIAM 54 que os MAAs podem ser produzidos apenas pela via do chiquimato. Na linhagem CACIAM 14, foram detectados os fragmentos de relação massa/carga 186 e 197 no mesmo tempo de retenção de um íon precursor de m/z 333, valor esse sugestivo da presença de chinorina. Dessa forma, as linhagens CACIAM 53, 54 e 57 são potencialmente produtoras de MAAs por possuírem os genes biossintéticos, e a linhagem CACIAM 14 é produtora de chinorina.
Acesso aberto (Open Access)
Co-cultivo de embriões bovinos com células-tronco adultas derivadas de tecido adiposo
(Universidade Federal do Pará, 2014-09-05) NASCIMENTO, Hamilton Silva do; MIRANDA, Moysés dos Santos; http://lattes.cnpq.br/3354029928888919
A produção in vitro de embriões (PIV) é uma biotecnologia utilizada para aumentar o potencial reprodutivo de animais geneticamente superiores, os embriões produzidos in vitro são de qualidade inferior aos produzidos in vivo, por isso técnicas tentam melhorar os índices de embriões produzidos in vitro. Uma técnica é o sistema de co-cultivo com células somáticas que removem metabólitos tóxicos e protegem contra o stress oxidativo. As células-tronco mesenquimais derivadas de tecido adiposo (CTA) são células multipotentes que segregam fatores de crescimento e citocinas. As células-tronco foram utilizadas em co-cultivo in vitro de embriões bovinos em diferentes concentrações com o objetivo de melhorar o protocolo de PIVE. CTAs foram submetidas à diferenciação em três linhagens mesenquimais, e foi realizada a imunofenotipagem de marcadores específicos de membrana das CTMs. A taxa de clivagem foi avaliada no segundo dia após a fertilização e taxa de blastocistos no sétimo dia, quando foram armazenados para contagem do número total de células e expressão gênica. Os resultados foram analisados por ANOVA, Teste-t e pós-teste de Fisher, adotando um nível de significância de 5%. O tratamento do co-cultivo com CTAs influenciou significativamente a formação de blastocisto, o número total de células de embriões e a expressão gênica correlacionada a pluripotência e metabolismo de carboidratos. Estes resultados mostraram aumento da taxa de produção e qualidade dos embriões produzidos in vitro em co-cultivo com CTAs em relação ao co-cultivo com células da granulosa. Os resultados deste trabalho indicam também que a presença constante de CTAs em co-cultivo é superior ao condicionamento com CTAs. Os efeitos verificados das CTAs podem ocorrer através de fatores solúveis ou via exossomos secretados pelas CTAs. Estudos futuros são necessários para esclarecer a possível via causadora dos efeitos positivos verificados neste trabalho pelas CTAs em co-cultivo.
Acesso aberto (Open Access)
Influência dos metabólitos secundários de Piper divaricatum da região amazônica no controle do Fusarium solani f. sp. piperis causador da fusariose em pimenta do reino
(Universidade Federal do Pará, 2014-09-18) MEIRELES, Erisléia das Neves; RAMOS, Alessandra de Rezende; http://lattes.cnpq.br/1279694874191138; SILVA, Joyce Kelly do Rosário da; http://lattes.cnpq.br/2278686174214080
A cultura de pimenta do reino (Piper nigrum L.) é uma das principais atividades agrícolas no estado do Pará e sofre sérios danos ocasionados pela fusariose, doença restrita ao Brasil. O presente trabalho avaliou a atividade antifúngica in vitro de óleos essenciais de espécies de Piper ricos em fenilpropanóides frente a Fusarium solani f. sp. piperis, agente causal da fusariose. A inibição do crescimento micelial pelo método de difusão em Agar na concentração de 5 mg.Ml-1 foi considerada: baixa para P. aduncum (20,3%) e P. krukoffii (31,4%); moderada para P. callosum (55,7%) e P. marginatum (70,3%) e alta para P. divaricatum (93,3%). Os componentes majoritários identificados por CG-EM foram: dilapiol (92,0%), safrol (78,0%), metileugenol (75,2%) e eugenol (7,9%), apiol (80,0%), Z-isoosmorizol (44,0%) e E-anetol (22,0%), respectivamente. O óleo de P. divaricatum e seus compostos majoritários apresentaram valores CIM de 0,75 mg.mL-1. A avaliação dos efeitos combinados do eugenol e metileugenol apontou o eugenol como principal responsável pela atividade.
Acesso aberto (Open Access)
Acúmulo de colesterol por Mycobacterium smegmatis como possível modulador da biossíntese de lipomanana e lipoarabinomanana
(Universidade Federal do Pará, 2015-02-26) SANTOS, Ana Cristina Doria dos; SENA, Chubert Bernardo Castro de; http://lattes.cnpq.br/8620752020290438
A parede celular micobacteriana é uma característica marcante do gênero Mycobacterium, apresentando lipídios e glicoconjugados bioativos, como fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), lipomanana (LM) e lipoarabinomanana (LAM). A infecção crônica no interior de macrófagos pulmonares é relacionada com o acúmulo de colesterol na célula hospedeira, conferindo uma fonte alternativa de energia e carbono para o bacilo manter suas funções fisiológicas. Com base na atividade imunomoduladora desses glicoconjugados e na adaptação em outro ambiente no interior da célula hospedeira infectada, propomos investigar a possível modulação da biossíntese de LM/LAM em Mycobacterium smegmatis (saprofítico), após o cultivo em meio mínimo (MM) suplementado com glicerol e/ou colesterol. Como resultados, obtivemos que o bacilo, mesmo sendo saprofítico, foi capaz de acumular colesterol e influenciar na fisiologia bacteriana por apresentar um crescimento lento com densidade bacteriana comprometida. Além disso, o colesterol diminuiu o acúmulo de PIMs e promoveu mudanças morfológicas e de agregação bacteriana, mesmo mantendo a parede celular com sua característica físico-química específica (resistência a descoloração por álcool e ácido). A mudança mais marcante induzida pelo consumo do colesterol foi na biossíntese de LAM, que apresentou migração eletroforética diferenciada, compatível às massas moleculares maiores, assemelhando-se a de bacilos não saprofíticos (de 25 – 30 KDa para 30 – 50 KDa). Estes resultados mostram que o colesterol, quando utilizado como principal alternativa de fonte de energia e carbono, pode induzir mudanças fisiológicas em micobactérias, principalmente na biossíntese de LAM, uma das principais moléculas imunoreguladoras presente na parede celular. Estes dados sugerem que micobactérias podem sofrer mudanças semelhantes no interior de granulomas, e que estas mudanças podem ajudar na evolução da tuberculose para a forma crônica multibacilar, marcada por um aspecto imunodeficiente contra o bacilo.
Acesso aberto (Open Access)
O papel do colesterol na biossíntese da parede celular de Mycobacterium smegmatis
(Universidade Federal do Pará, 2015-02-26) MARINHO, Victor Hugo de Souza; SENA, Chubert Bernardo Castro de; http://lattes.cnpq.br/8620752020290438
Diferentes espécies de micobactérias são agentes causadores de significativas doenças em seres humanos como, por exemplo, a tuberculose. Todas as micobactérias possuem uma complexa e distinta parede celular, conferindo características físico-químicas exclusivas ao gênero Mycobacterium, protegendo-o contra o sistema imune e entrada de muitos antibióticos. Durante a infecção, o bacilo é capaz de se adaptar ao ambiente inóspito, nutrindo-se de fontes lipídicas alternativas, principalmente o colesterol, da própria célula hospedeira (macrófagos). Este perfil nutricional tem sido considerado essencial para a divisão bacilar e consecutivamente progressão da doença. Diante disso, o presente trabalho tem por objetivo avaliar em Mycobacterium smegmatis (espécie saprofítica) a modulação in vitro da biossíntese de constituintes bioativos da parede celular após o consumo de colesterol. Como resultado, verificamos por Cromatografia de Camada Delgada (CCD) que a adaptação do bacilo ao microambiente de escassez nutricional (cultivo em Meio Mínimo – MM) conseguiu manter a biossíntese e o acúmulo dos principais constituintes da parede celular, quando o cultivo ocorre na presença de alguma fonte definida de carbono e energia (glicerol e/ou colesterol). Dentre estes constituintes essenciais sem alterações, verificamos o Trealose de dimicolato (TDM) e os fosfolipídios Fosfatidilinositol (PI), Fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), Cardiolipina (CL) e Fosfatidiletanolamina (PE). Diferentemente a esse resultado, o ácido micólico apresentou acúmulo representativo ao cultivo em meio 7H9 somente quando o MM estava igualmente suplementado com glicerol. Este resultado foi confirmado pela marcação álcool-ácido resistente com o marcador fluorescente auroamina, sugerindo alterações nas propriedades físico-químicas da parede celular. Por outro lado, o cultivo em MM favoreceu o acúmulo de Glicopeptídeolipídios (GPLs), independente da suplementação por glicerol e/ou colesterol. Esta perturbação na biossíntese da parede celular alterou o perfil hidrofóbico do bacilo, independentemente da fonte de carbono e energia, porém não alterou a resistência ou sensibilidade a antibióticos. Estes resultados mostram claramente que a biossíntese da parede celular pode sofre modulações em condições de escassez nutricional, e que a presença ou ausência de colesterol, como ocorrido durante a infecção, não altera significativamente a fisiologia do bacilo a ponto de torna-lo mais vulnerável a ação de antibióticos, sugerindo que tais modificações possam também ocorrer durante a infecção, mantendo o bacilo viável, até o desenvolvimento da doença propriamente dita.
Acesso aberto (Open Access)
Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-05) PINHEIRO, Kenny da Costa; RAMOS, Rommel Thiago Jucá; http://lattes.cnpq.br/1274395392752454
O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.
Acesso aberto (Open Access)
Busca e classificação sistemática das proteínas oxigenases com ferro não hêmico em plantas
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-06) SOUSA, Kellen Rayanne Matos de; DARNET, Sylvain Henri; http://lattes.cnpq.br/4586614214029929
As proteínas oxigenases com ferro não hêmico compartilham um domínio conservado composto por oito histidinas, podem ser encontradas em organismos eucariotos e procariotos, e participam de importantes vias de biossíntese lipídica. Para compreender a relação evolutiva existente entre essas proteínas, foram realizadas análises comparativa e filogenética em procariotos e eucariotos que permitiram uma classificação dessa família, até então inexistente. A busca de seqüências resultou, após a curadoria, em uma coleção de 448 proteínas, pertencentes a 58 organismos previamente selecionados dentro dos principais taxa. O alinhamento múltiplo de seqüências gerado com a ferramenta MAFFT (BLOSUM 62; L-INS-i) mostrou a presença do domínio de histidinas com espaçamento conservado entre os motivos. A classificação das proteínas feita com o software CLANS gerou 28 grupos a partir da similaridade entre pares de seqüências. Dentre esses, 2 contêm seqüências que não tiveram similaridade com proteínas já caracterizadas e 48 seqüências não foram atribuídas a quaisquer dos grupos formados. As seqüências de plantas, representadas por 119 seqüências da coleção, foram distribuídas em 7 grupos correspondentes às funções C4 metilesterol monoxigenase, C5 esterol desaturase, ácido graxo hidroxilase, esfingolipídeo C4 monooxigenase, aldeído decarbonilase, β-caroteno hidroxilase e Acil-ACP desaturase. A análise filogenética, utilizando o método de máxima verossimilhança com a ferramenta PhyML, mostrou a formação de grupos bem definidos e que foram similares aos gerados por CLANS. Esses resultados começam a preencher a lacuna existente até o momento acerca da relação evolutiva e da classificação das oxigenases com ferro não hêmico. Além disso, sugerem que dentro dessa família ainda há proteínas com funções desconhecidas, reforçando a necessidade de realizar mais estudos de caracterização funcional das mesmas.
Acesso aberto (Open Access)
Estudo de genômica comparativa de corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 226 (biovar ovis)
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-10) DIAS, Larissa Maranhão; CARNEIRO, Adriana Ribeiro; http://lattes.cnpq.br/7533716053525477; http://lattes.cnpq.br/7533716053525477
Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa, nãoesporulante, não-capsulada e sem mobilidade, contudo possui fímbria, e pode assumir formas cocóides e filamentosas (pleomórfica), além disto, apresenta crescimento ótimo à 37°C. Este patógeno apresenta dois biovares: ovis que geralmente acomete pequenos ruminantes, e causa a doença linfadenite caseosa, e biovar equi, mais comum em equinos, bovinos, camelídeos, e bubalinos causando a Linfangite ulcerativa. A infecção por esta bactéria pode levar a condenação das carcaças e redução de lã (em ovinos e caprinos), leite e carne destes animais, e consequentemente a perdas econômicas para a indústria agropecuária mundial. Atualmente, ainda não existe uma vacina eficaz para estas doenças. A fim de obter um maior entendimento biológico entre as espécies o presente trabalho tem como objetivo principal analisar, por meio da genômica comparativa a linhagem C. pseudotuberculosis 226 biotipo ovis isolada de um caprino na Califórnia com outras linhagens do biovarar ovis e equi. Na análise de sintenia entre as linhagens foi possível identificar que a linhagem 226 apresenta alta conservação da ordem gênica entre as linhagens do biótipo ovis. Através de análises filogenômicas foi possível identificar que as linhagens I19 e 267 apresentaram maior e menor proximidade filogenética com a linhagem 226. A linhagem 1/06-A foi a que apresentou maior proximidade filogenômica entre as linhagens do biovar equi, quando comparadas a linhagem 226. Foram preditas 8 ilhas de patogenicidade, estando presente na ilha 1 os genes relacionados a virulência de C. pseudotuberculosis mais bem descritos na literatura. Não houveram regiões novas relacionadas a genes de virulência entre nenhuma das linhagens. Foram identificados 248 genes ortólogos entre as linhagens I19, 267 e 226 e 282 genes ortólogos entre as linhagens 258,1/06-A e 226. Com base nesse estudo é possível inferir que as linhagens do biovar ovis possuem um repertório gênico pouco variado e que as linhagens do biovar equi apresentam uma quantidade menor de genes compartilhados com a linhagem 226, corroborando com a diversidade gênica entre os biovares.
Acesso aberto (Open Access)
Detecção de potenciais corticais antecipatórios em sinais de eletroencefalografia (EEG) durante a condução de carros
(Universidade Federal do Pará, 2015-03-16) SANTOS, Fredson Carmo dos; CARVALHO, Schubert Ribeiro de; http://lattes.cnpq.br/1496976331707751; GOMES, Bruno Duarte; http://lattes.cnpq.br/4932238030330851
O reconhecimento da intenção do condutor a partir de sinais de eletroencefalografia (EEG) pode ser útil no desenvolvimento de interfaces cérebro computador (BCI) para serem usadas em sinergia com veículos inteligentes. Isso pode ser benéfico para melhorar a qualidade de interação entre o motorista e o carro, por exemplo, fornecendo uma resposta do carro inteligente alinhada com a intenção do motorista. Neste estudo, considera-se a antecipação como sendo o estado cognitivo que leva a ações especificas durante a condução de um automóvel. Portanto, propomos investigar a presença de padrões antecipatórios em sinais EEG durante a condução de veículos para determinar duas ações especifícas (1) virar à esquerda e (2) virar à direita, alguns milissegundos antes que tais ações aconteçam. Um protocolo experimental foi proposto para gravar sinais EEG de 5 indivíduos enquanto eles operam um simulador de realidade virtual não invasiva - que foi projetado para tal experimento - que simula a condução de um carro virtual. O protocolo experimental é uma variante do paradigma da variação negativa contingente (CNV) com condições Go e No-go no sistema de condução de realidade virtual. Os resultados apresentados neste estudo indicam a presença de padrões antecipatórios em potenciais corticais lentos observados no domínio do tempo (medias dos sinais EEG) e da frequência (Power Spectra e coerência de fase). Isso abre um leque de possibilidades no desenvolvimento de sistemas BCI - baseados em sinais antecipatórios - que conectem o motorista ao veiculo inteligente favorecendo uma tomada de decisão que analise as intenções dos condutores podendo eventualmente evitar acidentes durante a condução.
Acesso aberto (Open Access)
Replicação viral, padrão de expressão de citocinas e cinética de morte celular em cultura primária de células neurais infectadas pelo vírus rocio
(Universidade Federal do Pará, 2015-07-13) SOUTO, Adriano da Paixão; FRANCO, Edna Cristina Santos; http://lattes.cnpq.br/5939607544965550
Os arbovírus pertencentes ao gênero Flavivirus (Família Flaviviridae) são responsáveis por considerável morbi-mortalidade, podendo causar quadros graves de encefalite, febre hemorrágica, hepatite e doença febril em vertebrados, incluindo humanos. O flavivírus Rocio (VROC) é de grande importância para a saúde pública no Brasil, pois representa uma grave ameaça de ocorrência de súbitos surtos de encefalite. A imunopatologia das encefalites causadas por flavivírus ainda não está completamente esclarecida e muitos aspectos inerentes à modulação das respostas imunes do SNC carecem por ser desvendados. Deste modo, o objetivo deste trabalho foi analisar o padrão de expressão gênica de citocinas em cultura primária de células neurais submetidas à infecção pelo vírus Rocio. Culturas primárias mistas (neurônio/glia), obtidas a partir de cérebros de camundongos isogênicos neonatos da linhagem BALB/c, foram inoculadas com o VROC (MOI igual a 2) no sétimo dia de cultivo, a confirmação da infecção foi feita por imunocitoquímica (anti-VROC). Quantificou-se a replicação viral nas culturas primárias infectadas, em função do período infeccioso, pelo método da titulação viral. O RNA celular total foi extraído e utilizado para a detecção de citocinas através da técnica de RT-qPCR em tempo real. O estudo demonstrou que cultura primária de células neurais constitui um bom modelo experimental para estudo de infecções do SNC pelo flavivírus Rocio. O VROC infectou eficientemente a cultura primária de células neurais gerando alterações citopatogênicas a partir do 2º dia p.i., momento em que se detectou maior título viral. A cultura primária infectada com o VROC sobreviveu até 7 dias p.i. e a quantificação da carga viral revelou uma cinética de replicação viral compatível com a cinética de morte celular da cultura infectada pelo VROC. Durante os cinco primeiros dias p.i. da cultura primária, houve redução da expressão gênica de INF-α, INF-β, INF-γ e IL-1β, não houve alteração na expressão de TNF-α e houve aumento na expressão de TGF-β no 1º, 3º e 5º dia p.i. Os achados deste estudo sugerem que o VROC tem a capacidade de regular negativamente a expressão de citocinas moduladoras das respostas imunes antivirais e inflamatórias e que, neste modelo experimental, a imunorregulação exercida pelo TGF-β predomina sobre a modulação das respostas imunes antivirais e inflamatórias, sendo necessários maiores estudos para elucidar a imunopatologia da infecção do SNC pelo VROC.
Acesso aberto (Open Access)
Produção e avaliação da atividade antioxidante de metabólitos secundários de Piper divaricatum G. Meyer sob diferentes condições de cultivo
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-06) CORPES, Rosana Silva; SILVA, Joyce Kelly do Rosário da; http://lattes.cnpq.br/2278686174214080
Muitas espécies do gênero Piper apresentam ampla distribuição na Amazônia e diversas aplicações biológicas devido a grande diversidade estrutural de seus metabólitos secundários. A espécie Piper divaricatum, é endêmica da Amazônia e produz em seu óleo essencial elevadas concentrações de metileugenol (50 – 90%), um fenilpropanóide com propriedade antioxidante e fungicida. Devido às suas potenciais aplicações, o objetivo deste estudo foi o estabelecimento do cultivo in vitro e a comparação da biossintese dos metabólitos secundários e propriedades antioxidantes com o cultivo in vivo. Para o estabelecimento do cultivo in vitro foram utilizados ápices caulinares cultivados em meio Murashige e Skoog , acrescido do regulador de crescimento BAP 0,5 mg.mL-1. Para o cultivo in vivo, foram propagadas microestacas em casa de vegetação no substrato vermiculita e adição de solução nutritiva de Murashige e Skoog. Os compostos voláteis identificados nas folhas das plântulas cultivadas in vivo foram metileugenol, β-elemeno e E-β-ocimeno, os quais não diferiram do cultivo in vivo, com exceção dos 90 dias. O cultivo in vitro das raízes não se mostrou eficiente para produção de fenilpropanóides e apresentou um perfil bastante diferenciado em relação ao cultivo in vivo de terpenos. De uma maneira geral, para as plantas cultivadas in vitro não houve diferença estatística significativa no teor de compostos fenólicos e na atividade antioxidante das folhas. No entanto, a atividade antioxidante das raízes foi bastante expressiva. Os resultados obtidos reforçam a hipótese de que plantas regeneradas in vitro podem sintetizar metabólitos semelhantes a planta-mãe e manter suas propriedades biológicas.
Acesso aberto (Open Access)
Ocorrência de inibidores de glicosidases em cianobactérias e microalgas dos estados do Amapá e Tocantins
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-13) SILVA, Vivian Cassia Oliveira da; XAVIER, Luciana Pereira; http://lattes.cnpq.br/6207860145204571
As cianobactérias apresentam-se como uma nova fonte de metabólitos secundários para produção de bioprodutos em diversos setores industriais, sendo utilizadas, principalmente, devido ao seu fácil cultivo, com utilização de poucas fontes nutricionais, assim como uma grande produção de biomassa. Ainda não se tem muitos relatos na literatura de cianobactérias amazônicas, assim como de seus metabólitos e seu uso em bioprodutos. Glicosidases são enzimas de extrema importância como alvos para desenvolvimento de fármacos que são utilizados para o tratamento de diversas patologias assim como seus inibidores. O presente trabalho teve como objetivo identificar em 24 amostras de cianobactérias e microalgas provenientes dos estados do Tocantins e do Amapá, os isolados que produzem esses inibidores, assim como extrair, fracionar e identificar os mesmos. Inicialmente, o teste de detecção em placa de petri, com o substrato esculina, para inibidores de glicosidase foi padronizado, bem como a metodologia de extração. Como resultado observou-se atividade inibitória de glicosidase em extrato bruto e na fração metanólica de quatro culturas (Synechococcus sp, Monoraphydium, P29 e Limnotrix sp), não foi detectada atividade inibitória nas frações aquosas de nenhuma cultura. Duas frações metanólicas que apresentaram atividade foram selecionadas para a realização de ensaio de potencial inibitório frente α–glicosidase com o substrato p-nitrofenil α-D-glicopiranosídeo e β–glicosidase com o substrato p-nitrofenil β-D-glicopiranosídeo, onde ambas amostras apresentaram maior porcentagem de inibição para α-glicosidase em relação a β-glicosidase.
Acesso aberto (Open Access)
Potencial de produção de antimicrobianos a partir de bactérias isoladas do açaí (Euterpe oleracea)
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-17) SALLES, Marina Ludmila Oliveira Conor; SANTOS, Agenor Valadares; http://lattes.cnpq.br/9530734927662735
O açaí é o fruto de uma palmeira amplamente distribuída na região amazônica e possui uma alta carga microbiana que favorece o processo de fermentação do fruto. Desconhecem-se estudos específicos que investiguem a produção de substâncias antimicrobianas de interesse biotecnológico a partir de micro-organismos presentes no fruto açaí, o que pode resultar no aumento do valor agregado ao fruto. Desde que a segurança alimentar se tornou cada vez mais uma preocupação internacional, a aplicação de bacteriocinas, que visam patógenos alimentares sem efeitos adversos tóxicos, tem recebido grande atenção. O objetivo deste trabalho é isolar as bactérias do açaí, identificar a atividade antimicrobiana das bactérias isoladas, e caracterizar os extratos destas bactérias quanto à estabilidade e ao espectro de ação. Os frutos selecionados foram coletados na Ilha do Combú e em Abaetetuba, no estado do Pará, Brasil. Estes seguiram para assepsia e despolpamento, e as diluições foram inoculadas em ágar MRS e isoladas para análise. O antagonismo in vitro foi realizado com as técnicas de spot-on-the lawn e de difusão em poços contra três bactérias reveladoras: Corinebacterium sp, Listeria monocytogenes e Bacillus cereus. Estes extratos foram caracterizados de acordo com estabilidade térmica (121°C/15 minutos), sensibilidade à enzima tripsina e neutralização do pH. Das trinta e nove bactérias isoladas, foi possível observar atividade antagonista em dezenove delas. Destas, foi possível observar que doze apresentaram atividade antagonista extracelular. Quatro extratos apresentaram sensibilidade à tripsina, indicando que estas podem ser bacteriocinas. Os extratos neutralizados não apresentaram nenhuma atividade, o que indica uma melhor atividade dos extratos em pH ácido. A maioria dos extratos apresentou atividade depois de autoclavagem, o que pode ser um indicativo de que os extratos possuem bacteriocinas que pertencem às classes I e II. Este trabalho mostra que bactérias isoladas de açaí possuem potencial para a produção de substâncias antimicrobianas.
Acesso aberto (Open Access)
Estudo do crescimento bacteriano na presença de óleos essenciais de Dysphania ambrosioides l. e Ocimum campechianum mill. para avaliar seus potenciais como antissépticos bucais
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-31) MOURA, Luiziana Barbosa; SANTOS, Alberdan Silva; http://lattes.cnpq.br/5976702134131016
As plantas aromáticas como Dysphania ambrosioides (mastruz) e Ocimum campechianum (alfavaca), que fazem parte da medicina popular no Brasil, apresentam substâncias fenilpropanoídicas e terpenoídicas em seus óleos essenciais como resultado do metabolismo secundário, o qual influencia na adaptação e defesa destas espécies no meio ambiente. O objetivo deste estudo foi avaliar a atividade antimicrobiana dos óleos essenciais de Dysphania ambrosioides L. e Ocimum campechianum Mill. contra bactérias patogênicas bucais. Para isso foram utilizados os métodos de disco de difusão em Ágar e de microdiluição em caldo adaptado. As plantas foram obtidas no município de Santa Izabel do Pará, suas folhas foram lavadas e pesadas; o óleo essencial foi obtido por hidrodestilação. Anteriormente, os componentes dos óleos essenciais foram identificados por cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massas. As linhagens de bactérias utilizadas foram: Lactobacillus casei (ATCC 7469), Lactobacillus fermentum (ATCC 9338), Streptococcus mutans (ATCC 25175), Streptococcus oralis (ATCC 10557) e Agregatibacter actinomycetencomitans (ATCC 29522). As suspensões bacterianas para os testes foram preparadas e padronizadas a 0,5 McFarland. Como controle positivo adotou-se o digluconato de clorexidina a 0,12%. Observaram-se halos de inibição para todas as amostras nas diferentes concentrações de cada óleo (1%, 5%, 10%, 25%, 50% e 75%). Os maiores halos foram encontrados para A. actinomycetencomitans. No teste de microdiluição o óleo de alfavaca inibiu a bactéria S. mutans, principal fator etiológico da cárie, em concentração de 1%; o óleo de mastruz inibiu L. casei, microrganismo que potencializa o processo de cárie, em concentrações a partir de 10%; Ambos os óleos inibiram o crescimento de A. actinomycetemcomitans, e podem ser eficazes contra a doença periodontal provocada por esse patógeno. As espécies vegetais deste estudo produzem classes de metabólitos secundários com potenciais aplicações na formulação de produtos odontológicos.
Acesso aberto (Open Access)
Relação entre níveis de células T CD4+ e pressão seletiva nos genes env e vif do HIV-1 subtipos B e C
(Universidade Federal do Pará, 2015-08-31) PEREIRA, Raimundo Cristovão Ferreira; LEAL, Élcio de Souza; http://lattes.cnpq.br/1158983666415285
Estudos anteriores mostraram haver uma relação direta entre níveis de linfócitos T CD4+ e taxas evolutivas do HIV-1 (DIAZ et al., 2008; LEMEY et al., 2007; NOSTROM et al., 2014). Além disso, outros fatores também afetam a variabilidade do no gene env: por exemplo ação de anticorpos neutralizantes - Nabs (FROST et al., 2005), a variação nos sítios de glicosilação (LEAL et al., 2012; LEAL et al., 2008), a ligação nos receptores da célula alvo (i.e., CD4, CXCR4, CCR5), e ainda, a escolha dos receptores CCR5 para CXCR4 (MILD et al., 2013). Com isso a relação entre diversificação viral e níveis células T CD4+ no gene env pode ser circunstancial. O gene vif, por outro lado, é mais conservado e não sujeito ao viés presente no gene env (i.e., sítios de glicosilação, etc.). Assim, para estudar a influência dos níveis de células T CD4+ na variabilidade do HIV, foi usado a estimativa do regime seletivo (dN e dS) através do modelo de códons e análise filogenética de indivíduos não relacionados (inter-hospedeiro). Foram utilizadas sequências do HIV-1 de indivíduos não correlacionados, obtidas a partir do banco de dados de Los Alamos. As sequências foram separadas em categorias de níveis de linfócitos T CD4, e posteriormente analisadas. A análise mostrou não haver relação direta entre os níveis de células T CD4+ e as taxas evolutivas em gp120 e no gene vif do HIV-1 dos subtipos B e C em uma abordagem populacional.
Acesso aberto (Open Access)
Método de identificação de genes taxonomicamente restritos em dados de RNA-seq em organismo não modelo
(Universidade Federal do Pará, 2015-09-28) OLIVEIRA, Lorena Silva de; DARNET, Sylvain Henri; http://lattes.cnpq.br/4586614214029929
A pimenta do reino (Piper nigrum) é uma planta de alto interesse biotecnológico, alvo de pesquisas tanto para a exploração do metabolismo quanto para o melhoramento relacionado a problemas fitopatológicos, além do entendimento da evolução das angiospermas basais, grupo ancestral ao qual ela pertence. O avanço nos métodos de sequenciamento de nova geração proporcionou o acesso ao patrimônio genético de plantas não modelo possibilitando a abertura de novas perspectivas biotecnológicas. A identificação de genes não homólogos restritos a certas espécies, denominados genes taxonomicamente restritos (GTRs), é um alvo biotecnológico prioritário, especialmente em espécies e grupos divergentes e ancestrais. Este trabalho tem por objetivo estabelecer um método de identificação de GTRs a partir de dados de RNA-seq e de validar a abordagem num conjunto de dados de pimenta do reino. O método consiste na filtragem de transcritos em várias etapas, de forma que os transcritos anotados e os falsos positivos são retirados, e os dados restantes sem informações moleculares são classificados como potenciais GTRs. A aplicação da abordagem em dados de transcriptoma de pimenta do reino (35.631 transcritos) resultou em 22.661 transcritos anotados por similaridade. Os transcritos não anotados nessa primeira análise foram processados na ferramenta TRAPID, obtendo 12.895 transcritos não anotados. A avaliação dos transcritos para detecção de falsos positivos resultou em 245 transcritos verdadeiros, que foram analisados quando a presença de RNA não codificante, sendo encontrados 204 transcritos sem identificação. Ao final da aplicação do método restaram 71 transcritos não anotados com regiões codificantes de proteínas, assinalados como potenciais GTRs. A caracterização desses potenciais GTRs em pimenta do reino pode fornecer novas informações sobre o mecanismo molecular dessa espécie e talvez elucidar vias para o estabelecimento de cultivares tolerantes a doenças.
Acesso aberto (Open Access)
Preparação de suportes micro e mesoporosos para imobilização de lipase e aplicação na esterificação do ácido oléico
(Universidade Federal do Pará, 2015-09-29) QUARESMA, Francisco Lucio Barbosa; NASCIMENTO, Luis Adriano Santos do; http://lattes.cnpq.br/3720461233595226
O presente trabalho teve como objetivo preparar e caracterizar catalisadores heterogêneos utilizando enzimas imobilizadas nos suportes MCM-41 e metacaulim. Os suportes foram funcionalizados com APTES (uma amina) para aplicação na reação de esterificação do ácido oleico com metanol, para produção de éster. A caracterização do catalisador foi feita por DRX, IV-TF, fisissorção de N2 e espectrometria de UV. Os resultados apontaram que o MCM-41 foi efetivamente funcionalizado e que as enzimas foram imobilizadas, no entanto, houve perda parcial do arranjo hexagonal desse suporte, enquanto que, para o metacaulim, tanto a funcionalização quanto a imobilização não ocorreram de forma satisfatória. Através da espectrometria de UV, foi verificado que em torno de 80% das enzimas foram efetivamente imobilizadas em MCM-41. Esse biocatalisador (heterogêneo) foi testado na esterificação do ácido oléico (razão molar para ácido oleico/metanol foi de 1:15), à temperatura de 30ºC (100 rpm), durante 12h. A conversão obtida através do biocatalisador foi de 52% da massa de ácido em éster, indicando que há viabilidade quanto à utilização da MCM-41 funcionalizado com amina, para a imobilização de lipase, pois atividade catalítica das enzimas foi preservada. Quanto ao metacaulim, os resultados apontaram que, a pesar de ter ocorrido, inicialmente, alguma ligação das enzimas ao metacaulim funcionalizado, a espectrometria de UV apontou que a ancoragem das enzimas não foi eficaz, no decorrer de 4h, no entanto, novas abordagens metodológicas para esse material poderão ser aplicadas para garantir a funcionalização e imobilização eficazes.
Acesso aberto (Open Access)
Identificação de polimorfismos de nucleotídeo único com efeitos deletérios em transcriptomas de câncer gástrico
(Universidade Federal do Pará, 2015-09-29) SILVA, Viviane Santos da; DARNET, Sylvain Henri; http://lattes.cnpq.br/4586614214029929
O câncer gástrico é uma das principais causas de mortalidade por câncer no mundo. Seu desenvolvimento está associado a fatores relacionados ao estilo de vida e a alterações genéticas que podem modificar genes e/ou vias biossintéticas e metabólicas importantes para a manutenção da integridade celular e tecidual. Pesquisas envolvendo câncer têm sido realizadas com o intuito de identificar genes e mutações que possam ser utilizados como marcadores genéticos e possíveis alvos terapêuticos. Estudos realizados com genes codificantes de proteínas da via dos hormônios esteroides já identificaram polimorfismos que podem estar relacionadas ao risco de câncer. Por tratar-se de uma via importante para processos fisiológicos e patológicos, estudos de identificação de polimorfismos genéticos nesta via, e na via de biossíntese do colesterol poderão contribuir com o entendimento da carcinogênese gástrica. Diante disso, foi realizada uma análise bioinformática em transcriptomas de tecidos gástricos com câncer e sem câncer, com o objetivo de identificar SNPs em genes codificantes de enzimas das vias de biossíntese dos hormônios esteroides, do colesterol e do receptor de progesterona que possam estar relacionadas ao desenvolvimento do câncer gástrico. A análise foi realizada por meio da Plataforma Galaxy, da ferramenta de alinhamento BOWTIE e do software de análise funcional de variações PROVEAN Genome Variants. SNPs deletérios foram identificadas nos genes CYP51A1, DHCR24 e SQLE da via de biossíntese de hormônios esteroides e nos genes CYP3A5, HSD17B12, UGT1A1, UGT1A5, UGT1A6 e AKR1C3 da via biossintética do colesterol. O gene CYP3A5 apresentou o maior número de SNPs deletérios. Estes resultados indicam uma possível participação dos genes analisados nos mecanismos moleculares envolvido no desenvolvimento do câncer gástrico.