Navegando por Assunto "Genotipagem"

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Acesso aberto (Open Access)
Detecção e genotipagem de norovírus em diferentes amostras de água e esgoto não tratado na cidade de Belém, Pará, Brasil, 2008 a 2010
(Universidade Federal do Pará, 2014) TEIXEIRA, Dielle Monteiro; GABBAY, Yvone Benchimol; http://lattes.cnpq.br/1579859438466504
Os vírus entéricos eliminados pelas fezes de indivíduos infectados se dispersam nos ambientes aquáticos por meio do lançamento de esgoto. Dentre esses vírus os norovírus (NoV) são atualmente considerados a principal causa de surtos de gastrenterite mundialmente, decorrentes da ingestão de água e alimentos contaminados, como também estão associados a hospitalizações. O objetivo dessa pesquisa foi detectar e caracterizar parcialmente os NoV humanos (genogrupos I e II) em diferentes tipos de água e esgoto bruto da Região Metropolitana de Belém. O estudo envolveu águas superficiais de baía (Ver-o-Peso), rio (Porto do Açaí), igarapé (Tucunduba) e dois mananciais (Bolonha e Água Preta), como também água tratada (ETA-Bolonha) e esgoto bruto (EEE-UNA), coletadas mensalmente ao longo de dois anos. Essas águas e esgoto (2 litros) foram inicialmente concentradas em membranas filtrantes obtendo-se um volume final de 2mL. O ácido nucléico foi extraído pelo método da sílica e submetido à reação de semi nested RT-PCR (reação em cadeia mediada pela Polimerase precedida de transcrição reversa) utilizando iniciadores específicos para NoV GI e GII. O cDNA obtido após transcrição reversa foi utilizado para pesquisa de GI/GII também por TaqMan® PCR em tempo real. As amostras positivas por ambas as metodologias moleculares foram analisadas para a região 5’-terminal da ORF2 por nested (GI) e semi nested (GII) com o intuito de obter amplicon para identificação das cepas circulantes, sendo posteriormente purificados com uso de kit comercial e submetidos a caracterização molecular em sequenciador automático. As sequências obtidas foram editadas, alinhadas e comparadas com outras depositadas no banco de genes (GenBank - NCBI) e no site NoV genotyping tool. No período de novembro de 2008 a outubro de 2010, 168 amostras de água e esgoto foram coletadas e analisadas quanto a presença de NoV, obtendo-se positividade de 33,9% (57/168), das quais 21,1% (12/57) foram positivas somente por TaqMan® PCR em tempo real, 19,3% (11/57) por semi nested e 59,6% (34/57) por ambas. Considerando as duas metodologias utilizadas, nos casos positivos, GI (82,5% -47/57) foi mais frequente do que GII (79,0% - 45/57). Porém, na maioria das amostras houve coexistência dos dois genogrupos (61,4% - 35/57), principalmente nas amostras do igarapé Tucunduba e EEE-UNA, considerados os locais mais contaminados por NoV. Por outro lado, na ETA-Bolonha esse agente não foi encontrado. Das 57 amostras positivas por TaqMan® PCR em tempo real e/ou semi nested RT-PCR, 53 foram retestadas para a região 5’-terminal da ORF2, uma vez que quatro apresentaram quantidade insuficiente de material que permitisse uma nova análise, assim em 47,2% (25/53) o genoma de NoV foi detectado, das quais 12% (3/25) pertenciam ao GI, 24% (6/25) ao GII e 64% (16/25) para ambos. Os genótipos mais frequentes de GI e GII foram respectivamente GI.8 (n=8) e GII.4 (n=12), porém outros genótipos foram observados com menor incidência como GII.6 (n=3), GII.9 (n=2), GII.12 (n=1), GII.14 (n=1), GI.1 (n=1) e GI.4 (n=2). Devido a baixa qualidade das sequências obtidas oito amostras não puderam ser genotipadas para GI e três para GII. Das 96 amostras com concentração de coliformes termotolerantes acima do recomendado, 34 (35,4%) também foram positivas para NoV. Aumento na condutividade e sólidos totais dissolvidos foi observado nos materiais do Ver-o-Peso e igarapé Tucunduba, assim como a turbidez foi nitidamente mais elevada nesses locais e no Porto do Açaí. No período menos chuvoso (julho a novembro) houve uma tendência no aumento da positividade para NoV, e nos meses de maior pluviosidade (dezembro a junho) notou-se um decréscimo na incidência desse agente. Os resultados obtidos no presente estudo apontam a circulação de NoV GI e GII nos ambientes aquáticos de Belém, revelando a degradação que estes corpos hídricos vêm sofrendo como consequência da precariedade ou ausência de saneamento na nossa cidade, permitindo a permanência nesses ecossistemas, juntamente com seus efluentes, de patógenos causadores de doenças.
Acesso aberto (Open Access)
As hepatites B e C na população carcerária feminina do Pará: prevalência, genotipagem e fatores de risco
(Universidade Federal do Pará, 2015) MORAES, Nayana Maria Leal; MARTINS, Luisa Caricio; http://lattes.cnpq.br/1799493244439769
O comportamento de alto risco característico do público carcerário contribui para que neste haja elevada prevalência de doenças transmissíveis por via sexual ou parenteral. Atentando para as elevadas taxas de Hepatite B e C nos presídios, este estudo tem por objetivo identificar os principais fatores de risco, a prevalência destas doenças e os genótipos encontrados. Este estudo é do tipo transversal analítico. A amostra constitui-se de 313 presidiárias do Centro de Recuperação Feminino do estado do Pará (CRF-PA) que aceitaram participar deste estudo e que estavam em bom estado de saúde físico e mental. Foram colhidas amostras de sangue e aplicado um questionário sócio epidemiológico. A análise sócio epidemiológica demonstrou predominância da faixa etária de 25 a 34 anos (44,8%), estado civil de solteira (55%), escolaridade de ensino fundamental incompleto (68%) e renda familiar de 1 salário mínimo (65%). As variáveis de idade e escolaridade demonstraram correlação estatística significante com os marcadores de infecção pelo HBV. Fatores de risco como compartilhamento de material pérfuro-cortante, tatuagem, internação hospitalar, cirurgia dentária e não uso de preservativo apresentaram frequência elevada, sendo a variável de internação hospitalar estatisticamente associada aos marcadores de infecção pelo HBV. A sorologia, por meio do teste de ELISA, demonstrou que 3% foram reagentes para o HBsAg, 15% reagentes para o Anti-HBc, 23% reagentes para o Anti-HBs e 5% reagentes para o Anti-HCV. Na genotipagem das amostras verificou-se que, das 10 amostras positivas para o HBsAg, 4 amostras tiveram o genótipo indetectável, em 5 identificou-se o genótipo E (ainda não citado no Brasil), e em 1 o genótipo F (terceiro mais prevalente do país); das 17 amostras positivas para o Anti-HCV, 41,2% obtiveram genótipo indetectável, esta mesma porcentagem foi obtida para o genótipo 1, e em 17,6% das amostras verificou-se o genótipo 3, concordando com o padrão brasileiro descrito na literatura.
Acesso aberto (Open Access)
Prevalência e variabilidade genotípica de Chlamydia trachomatis em amostras cervicais de estudantes universitárias em Belém, Pará, Brasil
(Universidade Federal do Pará, 2015) SANTOS, Leonardo Miranda dos; SOUSA, Maisa Silva de; http://lattes.cnpq.br/1775363180781218
A infecção por Chlamydia trachomatis é a Infecção Sexualmente Transmissível (IST) bacteriana mais prevalente no mundo, podendo ser assintomática em até 80% dos casos, e associa-se às complicações tardias. As jovens universitárias fazem parte de uma demanda diferenciada da população por apresentarem alto grau de escolaridade. Objetivo foi verificar a prevalência e a variabilidade dos genótipos de C. trachomatis em infecção cervical das estudantes de universidade pública do estado do Pará, Brasil, e avaliar a associação deste às respectivas características socio-comportamentais e de queixas ginecológicas. Foram incluídas 438 estudantes universitárias entre setembro de 2012 a outubro de 2014 e as amostras endocervicais foram obtidas durante exame ginecológico. Realizou-se a técnica de fenol-clorofórmio para a extração de DNA total da amostra de secreção cervical, e para a detecção de C. trachomatis, utilizou-se a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) do tipo seminested-PCR para amplificação de 224pb do gene omp1. Para a identificação dos genótipos, realizou-se uma Nested-PCR, para a amplificação de 990pb do gene omp1, no qual, foi purificada e submetida ao sequenciador ABI3130, posteriormente as sequencias nucleotídicas foram comparadas com as depositadas no GenBank. A prevalência da infecção cervical por C. trachomatis foi de 12,5% (IC: 95% ±5,89) e os genótipos identificados foram o genótipo J(36,3%), seguido dos genótipos D (18,2%), E (18,2%), F (18,2%) e Ia (9,1%). Não houve associação significativa para a idade, início da vida sexual, número de parceiros, se usam preservativo camisinha, presença de queixas ginecológicas e de genótipos encontrados na população de estudo. Embora a prevalência encontrada apresentar-se alta entre as estudantes universitárias, a falta de significância estatística pode ser devido ao número amostral pequeno e/ou consequência de respostas socialmente aceitáveis. Esforços sejam feitos para que a ampliação do rastreio da infecção por C. trachomatis em populações restritas.