Dissertações em Genética e Biologia Molecular (Mestrado) - PPGBM/ICB
URI Permanente para esta coleçãohttps://repositorio.ufpa.br/handle/2011/10330
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Dissertação Acesso aberto (Open Access) Obtenção de genomas bacterianos a partir de dados metagenômicos da usina hidrelétrica de Tucuruí(Universidade Federal do Pará, 2023-09) PADILHA, Marcos Daniel Mendes; GRAÇAS, Diego Assis das; http://lattes.cnpq.br/1945468865634432; https://orcid.org/0000-0002-5059-4316Tucuruí é a segunda maior Usina Hidrelétrica brasileira, o lago artificial no município de Tucuruí alterou o ecossistema da região. Muitos microrganismos de vida livre responsáveis pela degradação de biomassa, decomposição de matéria orgânica, ciclos biogeoquímicos, alguns de interesse clínico, estão adaptados para viver no reservatório do lago. Esta pesquisa tem por objetivo a obtenção de genomas bacterianos por dados metagenômicos e identificar perfis funcionais e metabolismos microbianos no lago. Amostras de água e sedimento foram coletadas no lago da Usina Hidrelétrica de Tucuruí nas camadas fótica, afótica e sedimentar da estação do montante do novo repartimento. Após a filtração em membrana de nitrocelulose as amostras de DNA foram extraídas. O sequenciamento de metagenoma total foi realizado na plataforma Ion ProtonTM. Utilizou-se o Megahit para a montagem dos metagenomas. ORFs foram previstas usando Prodigal e foi usado o BUSCO para as quantificações de métricas de completude para avaliação comparativa de ortólogos universais de cópia única. Os genomas montados em metagenomas foram classificados nos banco de dados. Os filos foram definidos em nível de gênero e espécie, onde foi encontrado uma microbiota diversa e extremamente conservada. O perfil funcional dos metagenomas encontrados corroborou com outros estudos de metagenomas de lagos oligotróficos, demonstrando alta atividade bioquímica, conservada e diversa, sendo um estudo pioneiro ao montar os primeiros metagenomas de amostras da Usina Hidrelétrica de Tucuruí.Dissertação Acesso aberto (Open Access) Um mecanismo molecular compartilhado na padronização de nadadeiras em peixes pulmonados e membros em tetrápodes(Universidade Federal do Pará, 2019-05-03) AMARAL, Danielson Baia; SCHNEIDER, Igor; http://lattes.cnpq.br/4453558334183860Os primeiros tetrápodes conhecidos apresentavam membros com endoesqueleto proximal (úmero), seguido de dois elementos intermediários (rádio e ulna) e diversos elementos distais (ossos do punho e dígitos). Apesar de membros com dígitos serem considerados a inovação evolutiva de tetrápodes, parte dessa organização já estava presente em peixes sarcopterígeos extintos, grupo irmão de tetrápodes. O endoesqueleto da nadadeira desses peixes apresentava os três elementos proximais seguidos de uma região distal com radiais segmentados (endoesqueleto) e raios (exoesqueleto). Atualmente, os peixes sarcopterígeos são representados por Celacantos e peixes pulmonados e a homologia entre os radiais distais e dígitos ainda é motivo de discussão. Entre os peixes pulmonados modernos, Neoceratodus forsteri possui elaborado arranjo de radiais distais, estas estruturas são severamente reduzidas em espécies do gênero Protopterus e ausentes em Lepidosiren paradoxa. A via de sinalização Sonic Hedgehog (SHH) é essencial para do desenvolvimento de dígitos, visto que camundongos nocaute para Shh apresentam a perda de dígitos, enquanto sua ativação ectópica da via SHH leva à polidactilia. A expressão de Shh é controlada por um acentuador, altamente conservado chamado ZRS, que está presente mesmo em tetrápodes sem membros, como serpentes. Neste trabalho, investigamos o papel da via de sinalização de SHH na formação do esqueleto de nadadeiras em regeneração de peixes pulmonados por: (i) clonagem e análise in silico do ZRS; (ii) análise de expressão relativa de Shh e seus genes alvos por semi-qPCR; (iii) modulação global da via de sinalização de SHH por uso de fármacos. A análise in silico das sequências de ZRS por alinhamento múltiplo revelam uma deleção de 17 pares de base em um sítio de ligação para um fator de transcrição ETS apenas em Protopterus e Lepidosiren. Por semi-qPCR mostramos que a via de SHH é ativada durante a regeneração de nadadeiras em P. annectens. Por fim, a inibição da via bloqueia a regeneração e sua ativação ectópica leva ao aumento do número e formação precoce dos radiais distais. Portanto, nossos dados sugerem que a via de SHH, central no desenvolvimento de dígitos em tetrápodes, também atua na formação de radiais distais em peixes pulmonados, suportando a hipótese de homologia entre estas estruturas e dígitos.Dissertação Acesso aberto (Open Access) Repercussões das análises de bioinformática nos resultados da expressão diferencial de genes e seus reguladores miRNAs no câncer gástrico(Universidade Federal do Pará, 2018-09-13) ARAÚJO, Emily Vanessa Nascimento; SANTOS, Ândrea Kely Campos Ribeiro dos; http://lattes.cnpq.br/3899534338451625O câncer, de acordo com a Globocan, 2018, foi responsável por uma taxa de 8,2 milhões de mortes e 14,1 milhões de casos novos. No que diz respeito especificamente à incidência de câncer gástrico (CG), para o estado do Pará, estima-se no ano de2018 um número de homens afetados de 23,30 e 11,45 de mulheres. No desenvolvimento do adenocarcinoma gástrico foram identificadas alterações moleculares significativamente aumentadas em vias metabólicas. Um desses elementos são os miRNAS, pequenos RNAs não codificantes que atuam na regulação da expressão gênica e podem agir como oncogenes ou supressores tumorais. O objetivo deste estudo foi investigar a possibilidade de genes das amostras tumorais depositadas no banco de dados Atlas Genômico do Câncer (TCGA) de serem modificados por miRNAs diferencialmente expressos. A análise foi realizada por plataforma de sequenciamento, RNA-Seq, e utilizou o software R-peridot na análise de expressão diferencial de microRNAs, o resultado identificou seis miRNAs alterados significativamente. Em seguida a plataforma miRTargetLink Human foi empregada e identificou oito genes alvos desses miRNAs entre amostras tumorais e seus correspondentes tecidos adjacentes no CG. As análises funcionais mostraram genes que participam de três vias metabólicas importantes associadas ao câncer: adesão focal, via de sinalização RAP1 e pela via de sinalização de cálcio. Por fim, a utilização do cálculo Z-Score confirmou os achados significantes.