Dissertações em Computação Aplicada (Mestrado) - PPCA/NDAE/Tucuruí
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Navegando Dissertações em Computação Aplicada (Mestrado) - PPCA/NDAE/Tucuruí por Orientadores "VERAS, Adonney Allan de Oliveira"
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Dissertação Acesso aberto (Open Access) Ferramenta baseada em cuckoo filter para remoção de redundância em dados de sequenciadores de segunda geração (NGS - next generation sequencing)(Universidade Federal do Pará, 2019-12-02) GAIA, Antonio Sérgio Cruz; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590As plataformas de sequenciamento de segunda geração também conhecidas como NGS – Next Generation Sequencing produzem grande volume de dados, o que demanda alta complexidade e custo computacional no processamento destes dados. Essas plataformas geram leituras duplicadas que surgem na preparação da biblioteca genômica e são introduzidas na etapa de amplificação por PCR (Polymerase Chain Reaction). Essa redundância de leituras pode aumentar os requisitos computacionais e tempo de processamento de análises subsequentes (por exemplo, a montagem de novo). Para reduzir o custo computacional dessas análises é necessário realizar a remoção dessas leituras do conjunto de dados do organismo sequenciado. Neste trabalho apresentamos o NGSReadsTreatment uma ferramenta computacional para a remoção de leituras duplicadas em conjuntos de dados pareados ou fragmentos. A entrada de dados para o NGSReadsTreatment consiste em leituras oriundas de qualquer plataforma de sequenciamento com o mesmo ou diferentes comprimentos. A sua engine utiliza a estrutura probabilística Cuckoo Filter para identificar e remover as leituras redundantes, a identificação é feita comparando as leituras entre si, assim, nenhum pré-requisito é necessário além do conjunto de leituras. A validação da ferramenta foi realizada utilizando-se conjuntos de dados reais e simulados. Para aferir a eficiência da ferramenta, a mesma foi comparada com outras ferramentas de remoção de redundância. Os resultados indicam a eficiência do NGSReadsTreatment, pois obteve-se melhor resultado, tanto na quantidade de redundâncias removidas quanto no uso de memória em todos os testes realizados. Desenvolvido em JAVA, o NGSReadsTreatment é compatível com os sistemas operacionais UNIX/Linux e Windows e dispoẽ de uma versão com interface gráfica para facilitar seu uso.Dissertação Acesso aberto (Open Access) PredictmodelGUI: ferramenta para classificação de genes essenciais através de técnicas de aprendizado de máquina(Universidade Federal do Pará, 2025-06-06) MOIA, Gislenne da Silva; SILVA, Cleison Daniel; http://lattes.cnpq.br/1445401605385329; HTTPS://ORCID.ORG/0000-0001-8280-2928; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590As tecnologias de sequenciamento de DNA proporcionaram avanços significativos no conhecimento sobre o conteúdo gênico de inúmeros organismos, desde microrganismos até seres humanos. Dentre as análises realizadas pelas Ciências Ômicas, a Anotação se destaca como uma das mais importantes. Conceitualmente, esse processo consiste na inferência de informações biológicas a partir de sequências genômicas, o que permite aos Pesquisadores compreender a função de produtos genéticos, como os genes — Unidades Básicas da Hereditariedade responsáveis por características físicas e hereditárias de um organismo. Alguns genes desempenham funções vitais, pois codificam proteínas ou RNAs essenciais para processos como o Metabolismo Celular, que participam em vias cruciais como a Glicólise e o Ciclo do Ácido Tricarboxílico. As Plataformas de Sequenciamento passaram a gerar grandes volumes de dados, o que impulsionou avanços nas Áreas Ômicas e fomentou o desenvolvimento de métodos computacionais voltados às mais diversas análises. Mais recentemente, técnicas de Machine Learning e Inteligência Artificial têm sido aplicadas a esses dados, com estudos que demonstram a eficácia de abordagens inspiradas na Biologia. Esses modelos não exigem programação baseada em regras, embora sua criação ainda requeira habilidades avançadas em Programação e Computação. Com o objetivo de contribuir para a solução desse desafio, este estudo apresenta o PredictModelGUI, uma interface gráfica desenvolvida em Python que implementa nove modelos para classificar Genes Essenciais. A interface permite importar conjuntos de dados, re-treinar os modelos e ajustar parâmetros. As informações são armazenadas no banco de dados do software, o que assegura rastreabilidade e proporciona uma ferramenta simples e intuitiva para testar diferentes configurações.Dissertação Acesso aberto (Open Access) Tecnologia assistiva para auxiliar o ensino de genética clássica a deficientes visuais: um estudo de caso na região amazônica(Universidade Federal do Pará, 2020-07-10) OLIVEIRA, Mônica Silva de; MERLIN, Bruno; http://lattes.cnpq.br/7336467549495208; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590As Tecnologias Assistivas têm contribuído de forma significativa no processo de inclusão, abrangendo soluções que contribuem para a construção dinâmica e gradual do processo de ensino-aprendizagem. É possível constatar ao longo dos anos o desenvolvimento de várias soluções computacionais nesta área para o deficiente visual, no entanto existe ainda uma grande necessidade de produções em determinadas áreas, como é o caso da Genética, subárea das Ciências Biológicas, ainda pouco exploradas. Considerando esta lacuna, o trabalho em questão se propõe fazer uso dos dispositivos móveis como ferramenta facilitadora no processo de inclusão, através do desenvolvimento de um aplicativo assistencial para auxiliar no ensino de genética clássica para estudantes com deficiência visual em sala de aula regular. Aliado a aplicação mobile, uma plataforma web é proposta para promover e facilitar a interação entre aluno e professor da disciplina. Com base no levantamento de requisitos e testes de usabilidade, através da Escala de usabilidade SUS, a interface do aplicativo foi desenvolvida, de acordo a atender as necessidade dos usuário. Este estudo foi realizado na cidade de Tucuruí, região sudeste do Pará. Os resultados obtidos em relação ao uso da aplicação pelos participantes, evidenciam um alto nível de satisfação (80%), possibilitando ainda que a mesma possa ser utilizada pelo aluno com deficiência visual para estudar dentro e fora do ambiente escolar.